Questions marquées «lme4-nlme»

Il y a beaucoup de discussions sur ce forum sur la bonne façon de spécifier divers modèles hiérarchiques en utilisant lmer. J'ai pensé que ce serait génial d'avoir toutes les informations au même endroit. Quelques questions pour commencer: Comment spécifier plusieurs niveaux, où un groupe est...

Voici comment j'ai compris les effets aléatoires imbriqués et croisés: Les effets aléatoires imbriqués se produisent lorsqu'un facteur de niveau inférieur apparaît uniquement dans un niveau particulier d'un facteur de niveau supérieur. Par exemple, les élèves dans les classes à un moment donné. En...

Si nous ajustons un regard, nous pouvons recevoir un avertissement nous indiquant que le modèle a du mal à converger ... par exemple >Warning message: In checkConv(attr(opt, "derivs"), opt$par, ctrl = control$checkConv, : Model failed to converge with max|grad| = 0.00389462 (tol = 0.001) Une...

Une régression logistique à l'aide de lme4 se termine par Error in mer_finalize(ans) : Downdated X'X is not positive definite. Une cause probable de cette erreur est apparemment une insuffisance de rang. Qu'est-ce qu'une déficience de rang et comment devrais-je y

Je s'adapter quelques modèles à effets mixtes ( en particulier les modèles longitudinaux) en utilisant lme4dans Rmais je voudrais vraiment maîtriser les modèles et le code qui va avec eux. Cependant, avant de plonger avec les deux pieds (et d'acheter des livres), je veux être sûr d'apprendre la...

J'utilise lme4 in R pour s'adapter au modèle mixte lmer(value~status+(1|experiment))) où la valeur est continue, le statut et l'expérience sont des facteurs, et je reçois Linear mixed model fit by REML Formula: value ~ status + (1 | experiment) AIC BIC logLik deviance REMLdev 29.1 46.98 -9.548...

J'ai récemment mesuré la façon dont le sens d'un nouveau mot est acquis au cours d'expositions répétées (pratique: du premier au dixième jour) en mesurant les ERP (EEG) lorsque le mot a été vu dans différents contextes. J'ai également contrôlé les propriétés du contexte, par exemple son utilité...

Je me demande si cela fait une différence d'interprétation si seules les variables dépendantes, indépendantes et dépendantes, ou uniquement les variables indépendantes sont transformées par un journal. Considérons le cas de log(DV) = Intercept + B1*IV + Error Je peux interpréter l'IV comme...

EDIT 2: Au départ, je pensais que je devais exécuter une ANOVA à deux facteurs avec des mesures répétées d'un facteur, mais je pense maintenant qu'un modèle linéaire à effets mixtes fonctionnera mieux pour mes données. Je pense que je sais presque ce qui doit se passer, mais je suis encore dérouté...

Dériver numériquement les MLE de GLMM est difficile et, dans la pratique, je sais que nous ne devrions pas utiliser l'optimisation de la force brute (par exemple, en utilisant optimune méthode simple). Mais pour mon propre but éducatif, je veux l'essayer pour m'assurer de bien comprendre le modèle...

Je veux obtenir un intervalle de prédiction autour d'une prédiction à partir d'un modèle lmer (). J'ai trouvé des discussions à ce sujet: http://rstudio-pubs-static.s3.amazonaws.com/24365_2803ab8299934e888a60e7b16113f619.html http://glmm.wikidot.com/faq mais ils semblent ne pas tenir compte de...

Effectspackage fournit un moyen très rapide et pratique pour tracer les résultats de modèle à effets mixtes linéaires obtenus par lme4package . leeffect fonction calcule très rapidement les intervalles de confiance (IC), mais dans quelle mesure ces intervalles de confiance sont-ils fiables? Par...

J'ai récemment réalisé qu'un modèle mixte avec un seul sujet comme facteur aléatoire et les autres facteurs comme facteurs fixes équivaut à une ANOVA lors de la définition de la structure corrélationnelle du modèle mixte sur une symétrie composée. Par conséquent, j'aimerais savoir ce que signifie...

J'ai des données recueillies à partir d'une expérience organisée comme suit: Deux sites de 30 arbres chacun. 15 sont traités, 15 sont contrôlés sur chaque site. De chaque arbre, nous échantillonnons trois morceaux de la tige et trois morceaux des racines, soit 6 échantillons de niveau 1 par arbre,...

J'essaie de comprendre quand utiliser un effet aléatoire et quand c'est inutile. On m'a dit qu'une règle de base est si vous avez 4 groupes / individus ou plus que je fais (15 orignaux individuels). Certains de ces orignaux ont été expérimentés à deux ou trois reprises pour un total de 29 essais....

Je veux adapter un GLMM à plusieurs niveaux avec une distribution de Poisson (avec sur-dispersion) en utilisant R. En ce moment j'utilise lme4 mais j'ai remarqué que récemment la quasipoissonfamille a été supprimée. J'ai vu ailleurs que vous pouvez modéliser une surdispersion additive pour les...

Je me demandais si quelqu'un pouvait m'éclairer sur les différences actuelles entre ces deux fonctions. J'ai trouvé la question suivante: Comment choisir la bibliothèque nlme ou lme4 R pour les modèles d'effets mixtes? , mais cela remonte à quelques années. C'est toute une vie dans les cercles...

J'espère que c'est une question à laquelle quelqu'un ici peut répondre pour moi sur la nature de la décomposition des sommes de carrés à partir d'un modèle à effets mixtes lmer(à partir du package lme4 R). Tout d'abord, je dois dire que je suis conscient de la controverse liée à l'utilisation de...

Je voudrais obtenir une valeur de p et une taille d'effet d'une variable catégorielle indépendante (avec plusieurs niveaux) - c'est-à-dire "global" et pas pour chaque niveau séparément, tout comme la sortie normale de lme4dans R. C'est comme la chose que les gens rapportent lorsqu'ils exécutent une...

Dans un modèle à plusieurs niveaux, quelles sont les implications pratiques et liées à l'interprétation de l'estimation et de la non-estimation des paramètres de corrélation à effet aléatoire? La raison pratique de demander ceci est que dans le cadre de lmer dans R, il n'y a pas de méthode...