J'essaie d'utiliser lme4::glmer()pour adapter un modèle mixte généralisé binomial (GLMM) avec une variable dépendante qui n'est pas binaire, mais une variable continue entre zéro et un. On peut considérer cette variable comme une probabilité; en fait , il est probable que rapporté par des sujets...
J'expérimente l'algorithme de la machine de renforcement de gradient via le caretpackage en R. À l'aide d'un petit ensemble de données d'admission à l'université, j'ai exécuté le code suivant: library(caret) ### Load admissions dataset. ### mydata <-
La question du CV J'essaie de donner (a) une représentation mathématique détaillée et concise d'un modèle à effets mixtes. J'utilise le lme4package dans R. Quelle est la représentation mathématique correcte pour mon modèle? Les données, la question scientifique et le code R Mon ensemble de données...
En spécifiant un modèle à effets mixtes croisés, j'essaie d'inclure des interactions. Cependant, j'obtiens le message d'erreur suivant: Error in lme.formula(rate ~ nozzle, random = ~nozzle | operator, data = Flow) : nlminb problem, convergence error code = 1 message = iteration limit reached...
J'ai une question sur mon utilisation d'un modèle mixte / lmer. Le modèle de base est le suivant: lmer(DV ~ group * condition + (1|pptid), data= df) Le groupe et la condition sont deux facteurs: le groupe a deux niveaux (groupe A, groupe B) et la condition a trois niveaux (condition 1, condition 2,...
J'ai un ensemble de données dans lequel la variable que j'aimerais utiliser comme effet aléatoire n'a qu'une seule observation pour certains niveaux. Sur la base des réponses aux questions précédentes, j'ai compris que, en principe, cela peut convenir. Puis-je adapter un modèle mixte avec des...
Quelqu'un peut-il me dire comment R peut estimer le point de rupture dans un modèle linéaire par morceaux (en tant que paramètre fixe ou aléatoire), alors que j'ai également besoin d'estimer d'autres effets aléatoires? J'ai inclus un exemple de jouet ci-dessous qui correspond à une régression de...
Supposons que j'ai NNN participants, chacun donnant une réponse YYY 20 fois, 10 dans une condition et 10 dans une autre. J'adapte un modèle linéaire à effets mixtes comparant YYY dans chaque condition. Voici un exemple reproductible simulant cette situation en utilisant le lme4package dans R:...
J'ai un ensemble de données de mesures répétées déséquilibrées à analyser, et j'ai lu que la façon dont la plupart des progiciels statistiques traitent cela avec l'ANOVA (c'est-à-dire la somme des carrés de type III) est erronée. Par conséquent, je voudrais utiliser un modèle à effets mixtes pour...
J'examine actuellement certains travaux et suis tombé sur les suivants, ce qui me semble faux. Deux modèles mixtes sont montés (en R) à l'aide de lmer. Les modèles ne sont pas imbriqués et sont comparés par des tests de rapport de vraisemblance. En bref, voici un exemple reproductible de ce que...
J'ai réalisé une expérience où j'ai élevé différentes familles provenant de deux populations sources différentes. Chaque famille a reçu l'un des deux traitements. Après l'expérience, j'ai mesuré plusieurs traits sur chaque individu. Pour tester un effet du traitement ou de la source ainsi que leur...
Supposons que j'ai une variable de réponse yijyijy_{ij} qui a été mesurée à partir du jjj e frère de la iii e famille. De plus, certaines données comportementales xijxijx_{ij} ont été collectées en même temps auprès de chaque sujet. J'essaie d'analyser la situation avec le modèle linéaire à effets...
J'ai lu sur le calcul des valeurs dans des modèles mixtes et après avoir lu la FAQ R-sig, d'autres articles sur ce forum (j'en lierais quelques-uns mais je n'ai pas assez de réputation) et plusieurs autres références je comprends que l'utilisation valeurs de dans le contexte des modèles mixtes sont...
Je révise un document sur la pollinisation, où les données sont distribuées de façon binomiale (le fruit mûrit ou non). J'ai donc utilisé glmerun effet aléatoire (plante individuelle) et un effet fixe (traitement). Un critique veut savoir si la plante a eu un effet sur la nouaison - mais j'ai du...
Douglas Bates déclare que les modèles suivants sont équivalents «si la matrice de variance-covariance pour les effets aléatoires à valeur vectorielle a une forme spéciale, appelée symétrie composée» ( diapositive 91 dans cette présentation ): m1 <- lmer(y ~ factor + (0 + factor|group), data) m2...
J'utilise un modèle de régression logistique sous la forme: lmer(response~1+(1|site), family=binomial, REML = FALSE) Normalement, je calculerais l'ICC à partir des variances d'interception et résiduelles, mais le résumé du modèle n'inclut pas la variance résiduelle. Comment puis-je calculer...
Mes données sont décrites ici. Qu'est-ce qui peut provoquer une "erreur () est une erreur singulière" dans aov lors de l'ajustement d'un ANOVA à mesures répétées? J'essaie de voir l'effet d'une interaction en utilisant lmerdonc mon cas de base est: my_null.model <- lmer(value ~...
J'ai le modèle suivant: > model1<-lmer(aph.remain~sMFS1+sAG1+sSHDI1+sbare+season+crop +(1|landscape),family=poisson) ... et voici la sortie récapitulative. > summary(model1) Generalized linear mixed model fit by the Laplace approximation Formula: aph.remain ~ sMFS1 + sAG1 + sSHDI1 + sbare...
TL; DR: l' lme4optimisation semble être linéaire dans le nombre de paramètres du modèle par défaut, et est beaucoup plus lente qu'un glmmodèle équivalent avec des variables factices pour les groupes. Puis-je faire quelque chose pour l'accélérer? J'essaie d'adapter un modèle logit hiérarchique assez...
J'essaie d'analyser les données de mesures répétées et j'ai du mal à les faire fonctionner R. Mes données sont essentiellement les suivantes, j'ai deux groupes de traitement. Chaque sujet de chaque groupe est testé tous les jours et obtient un score (le pourcentage correct sur un test). Les données...