Questions marquées «molecular-dynamics»

Je voudrais savoir s'il existe un moyen rapide de calculer la distance euclidienne de deux vecteurs en octave. Il semble qu'il n'y ait pas de fonction spéciale pour cela, alors devrais-je simplement utiliser la formule avec

J'ai exécuté le code de dynamique moléculaire (MD) GROMACS sur un cluster Linux Ubuntu composé de nœuds contenant 24 processeurs Intel Xeon. Mon point d'intérêt particulier se révèle être quelque peu sensible à la précision arithmétique à virgule flottante, j'ai donc dû exécuter GROMACS en double...

J'exécute des simulations de dynamique moléculaire (MD) en utilisant plusieurs progiciels, comme Gromacs et DL_POLY. Gromacs prend désormais en charge les algorithmes de décomposition des particules et de décomposition de domaine. Par défaut, les simulations Gromacs utilisent la décomposition de...

Je suis nouveau dans les simulations de dynamique moléculaire (MD). Quelle est la complexité d'une simulation de dynamique moléculaire en termes de temps de simulation? En d'autres termes, si je veux augmenter le temps simulé de 10 nanosecondes à 20 nanosecondes, à quoi puis-je m'attendre en termes...

Dans un système où l'énergie devrait théoriquement être conservée, la simulation la plus précise permettrait de conserver l'énergie (tout en donnant des positions, des vitesses, etc. précises). Le RK4 est plus précis que le saute-mouton, mais le saute-mouton économise l'énergie et pas le RK4....

J'exécute des simulations de dynamique moléculaire de l'eau à des fins de test. La boîte est assez petite, si vous demandez à un gars qui exécute un MD classique, et relativement grande, si vous demandez à un gars DFT: j'ai 58 molécules d'eau dans des conditions aux limites périodiques. Pour gagner...