Complexité des simulations MD

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Je suis nouveau dans les simulations de dynamique moléculaire (MD). Quelle est la complexité d'une simulation de dynamique moléculaire en termes de temps de simulation? En d'autres termes, si je veux augmenter le temps simulé de 10 nanosecondes à 20 nanosecondes, à quoi puis-je m'attendre en termes d'augmentation du temps d'exécution?

molecular-dynamics complexity Daniel Standage
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Réponses:

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Les simulations de dynamique moléculaire sont linéaires ( O(n)) dans la durée simulée (en supposant que les pas de temps uniques ( ) sont inchangés). Étant donné que chaque pas de temps dépend uniquement de la configuration précédente (et pas de ceux antérieurs), l'augmentation du nombre de pas de temps entraîne une augmentation linéaire du temps.Δt

Brian Diggs
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De plus, la complexité en termes de taille de système simulée évolue généralement avec O (n ^ 2) lorsque vous n'utilisez pas d'électrostatique modifiée comme PME.
Keith Callenberg
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@KeithCallenberg C'est vrai; Je ne l'ai pas mentionné car la question ne posait pas cela. Il pourrait être plus complet de dire qu'il échelles comme O(n^2)O(t)où nest la taille (nombre de particules) et tle nombre de pas de temps (durée du temps simulé divisé par la taille de chaque pas de temps).
Brian Diggs
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C'est un peu plus compliqué que ça, non? Ce devrait être O (N ^ 2) si vous étudiez des systèmes sans seuils; O (N log N) si vous utilisez des systèmes non chargés avec une coupure ou des systèmes chargés avec des approches basées sur le maillage.
aeismail