Mon groupe de recherche se concentre sur la dynamique moléculaire, qui peut évidemment générer des gigaoctets de données dans le cadre d'une trajectoire unique qui doit ensuite être analysée. Plusieurs des problèmes qui nous préoccupent impliquent des corrélations dans l'ensemble de données, ce qui...
Je développe un code plus grand pour effectuer des calculs de valeurs propres d'énormes matrices clairsemées, dans le contexte de la physique computationnelle. Je teste mes routines contre le simple oscillateur harmonique dans une dimension, car les valeurs propres sont bien connues analytiquement....
Quelqu'un ici a-t-il utilisé le calcul scientifique en double précision avec des GPU de nouvelle génération (par exemple K20) via Python? Je sais que cette technologie évolue rapidement, mais quelle est la meilleure façon de le faire actuellement? Le GPU est hors de portée des bibliothèques...
J'écris un papier reproductible, et le papier a des résultats de calcul qui sont générés par un script Python (un script MATLAB similaire génère des résultats presque identiques). Je pense que le papier serait plus facile à comprendre pour les lecteurs s'ils pouvaient faire correspondre les calculs...
Je souhaite implémenter l'expression suivante en Python: xi=∑j=1i−1ki−j,jai−jaj,xi=∑j=1i−1ki−j,jai−jaj, x_i = \sum_{j=1}^{i-1}k_{i-j,j}a_{i-j}a_j, où et sont des tableaux numpy de taille , et est un tableau numpy de taille . La taille peut aller jusqu'à environ 10000, et la fonction fait partie...
J'ai du mal à implémenter une fonction numériquement. Il souffre du fait qu'à de grandes valeurs d'entrée, le résultat est un très grand nombre fois un très petit nombre. Je ne sais pas si l'annulation catastrophique est le terme correct, alors corrigez-moi si c'est le cas. Preuve que quelque chose...
Je ressens une certaine frustration quant à la façon dont matlab gère l'intégration numérique par rapport à Scipy. J'observe les différences suivantes dans mon code de test ci-dessous: La version de Matlab tourne en moyenne 24 fois plus vite que mon équivalent python! La version de Matlab est...
J'ai utilisé différentes méthodes pour calculer à la fois le rang d'une matrice et la solution d'un système matriciel d'équations. Je suis tombé sur la fonction linalg.svd. En comparant cela à mes propres efforts pour résoudre le système avec l'élimination gaussienne, cela semble être à la fois...
Je suis nouveau dans la programmation et j'essaie de résoudre mon premier gros problème et d'écrire mon premier gros programme. J'ai cherché des exemples de code open source pour apprendre, mais jusqu'à présent, je n'ai trouvé que du code dans des langues que je ne comprends pas complètement ou qui...
L'essence de ma question est la suivante: j'ai un système de deux ODE. L'un a une contrainte de valeur initiale et l'autre une contrainte de valeur finale. Cela peut être considéré comme un système unique avec une contrainte de valeur initiale sur certaines variables et une contrainte de valeur...
J'essaie de comprendre s'il existe un moyen plus rapide de calculer toutes les valeurs propres et vecteurs propres d'une matrice de contiguïté très grande et clairsemée que d'utiliser scipy.sparse.linalg.eigsh Pour autant que je sache, cette méthode utilise uniquement la rareté et attributs de...
J'ai besoin de résoudre s.t.minx∥Ax−b∥22,∑ixi=1,xi≥0,∀i.minx‖Ax−b‖22,s.t.∑ixi=1,xi≥0,∀i.\begin{alignat}{1} & \min_{x}\|Ax - b\|^2_{2}, \\ \mathrm{s.t.} & \quad\sum_{i}x_{i} = 1, \\ & \quad x_{i} \geq 0, \quad \forall{i}. \end{alignat} Je pense que c'est un problème quadratique qui devrait être...
J'essaie d'implémenter la méthode Runge-Kutta de quatrième ordre pour résoudre un ODE de premier ordre en Python ie . Je comprends comment fonctionne la méthode, mais j'essaie d'écrire un algorithme efficace qui minimise le nombre de fois oùf(x,y)est calculé car cela coûte assez cher. On m'a dit...
Je dois écrire un code de volume fini pour la magnétohydrodynamique (MHD). J'ai déjà écrit du code numérique mais pas à cette échelle. Je voulais juste demander qui serait un bon choix, en utilisant une structure de données (approche orientée objet) avec des classes ou en utilisant simplement...
Veuillez lister le paquet Python (petsc4py, etc ...) et les solveurs directs clairsemés qu'il prend en charge. Une réponse (wiki communautaire) par paquet, s'il vous
J'ai un ensemble de données de points en 3 dimensions pour lesquels je voudrais construire un maillage, en utilisant python. Tous les logiciels que j'ai vus exigent que vous fournissiez les bords. Existe-t-il un programme en python qui prend en entrée un ensemble de points en 3D et sort un...
J'ai un problème physique régi par l'équation de Poisson en deux dimensions J'ai des mesures des deux composantes du gradient ∂ u / ∂ x et ∂ u / ∂ y le long d'une partie de la frontière, Γ m , je voudrais donc imposer ∂ u- ∇2u = f( x , y) ,je nΩ−∇2u=f(x,y),inΩ -\nabla^2 u = f(x,y), \; in \; \Omega...
Combien est plus lent petsc4py vs c / c ++ / fortran? Je me rends compte que cela dépendra considérablement du code exécuté, mais qu'en est-il de quelque chose de simple comme un produit
CVXOPT: http://abel.ee.ucla.edu/cvxopt/index.html OpenOpt: http://openopt.org/Welcome Quelle est la relation entre eux? Quels sont leurs avantages / inconvénients, respectivement? BTW, existe-t-il une autre bibliothèque d'optimisation convexe à usage général de haute qualité pour Python / C ++ à...
Existe-t-il des algorithmes de détection de communauté pour les graphes bipartites (réseaux à 2 modes) implémentés dans igraph, networkX, R ou Python etc.? En particulier, existe-t-il une telle mise en œuvre dans laquelle on pourrait restreindre la détection des communautés uniquement sur l'un des...