À l'aube d'OS X, il semblait y avoir beaucoup de brouhaha, du moins dans le monde Mac (j'étais loin d'être du calcul scientifique à l'époque) à propos du Mac OS en tant que plate-forme pour le calcul scientifique et les applications HPC. XGrid est sorti de la boîte, Virginia Tech avait son cluster...
Notre groupe de travail produit une application de bureau qui simule la performance énergétique du bâtiment. Il s'agit d'une application .NET et lorsque l'utilisateur exécute un grand nombre de simulations, elles peuvent prendre beaucoup de temps. Les simulations sont totalement parallélisables, et...
Je prévois d'utiliser le multigrille pour calculer certaines valeurs et vecteurs propres, et j'ai remarqué que PETSc a un support de haut niveau pour le multigrille. La documentation PETSc indique que cette partie de PETSc ne doit pas être utilisée, car elle sera bientôt remplacée. Quelles autres...
Puisque cette question est liée au calcul, j'ai décidé de poster ici. Espérons que cela sera considéré comme approprié. Je viens de commencer à exécuter des modèles atmosphériques et océaniques, et je me rends compte que j'ai besoin de plus de cœurs, de mémoire et d'espace disque que mon bureau...
La chose que je n'aime pas le plus à propos de MPI concerne les types de données (c'est-à-dire les cartes / masques de données) car ils ne correspondent pas très bien au C ++ orienté objet. boost::mpine prend en charge que MPI 1.1, cependant, à partir de leur site Web: boost :: mpi est une...
J'utilise Valgrind + Callgrind pour profiler un solveur que j'ai écrit. Comme l'indique le manuel de l'utilisateur de Valgrind, j'ai compilé mon code avec les options de débogage du compilateur: "Sans informations de débogage, les meilleurs outils Valgrind seront capables de deviner à quelle...
Je suis dans un domaine qui ne fait pas nécessairement beaucoup de travail HPC, et quand il le rencontre, c'est souvent le résultat de chercheurs d'autres domaines qui explorent de nouvelles applications à leurs méthodes et autres. Ce que cela signifie principalement, c'est qu'il n'est jamais...
J'ai un PETSc Matet je voudrais estimer son numéro
Mon groupe de recherche se concentre sur la dynamique moléculaire, qui peut évidemment générer des gigaoctets de données dans le cadre d'une trajectoire unique qui doit ensuite être analysée. Plusieurs des problèmes qui nous préoccupent impliquent des corrélations dans l'ensemble de données, ce qui...
Je jouais avec PETSc et j'ai remarqué que lorsque j'exécute mon programme avec plus d'un processus via MPI, il semble fonctionner encore plus lentement ! Comment puis-je vérifier ce qui se
Partout où j'ai vu, le didacticiel PETSc / documents, etc., dit qu'il est utile pour l'algèbre linéaire et spécifie généralement que les systèmes clairsemés en bénéficieront. Et les matrices denses? Je veux résoudreA x = bUNEX=bAx=b pour dense UNEUNEA. J'ai écrit mon propre code pour CG et QMR à...
Question: Quelles méthodes sont disponibles pour calculer avec précision et efficacité la structure de rareté d'une matrice d'éléments finis? Info: Je travaille sur un solveur d'équation de pression de Poisson, en utilisant la méthode de Galerkin avec une base de Lagrange quadratique, écrite en C,...
La conclusion ici: Les compilateurs Fortran sont-ils vraiment meilleurs? est que gfortran et gcc sont aussi rapides pour le code simple. Je voulais donc essayer quelque chose de plus compliqué. J'ai pris l'exemple de la fusillade de la norme spectrale. Je précalcule d'abord la matrice 2D A (:, :),...
La fonction a une singularité proche de . Cette singularité peut être levée, cependant: pour , on devrait avoir , car Et donc Cependant, la forme n'est pas seulement non définie en , il est également numériquement instable au voisinage de ce point; afin d'évaluer pour de très petits numériquement,...
J'ai lu le livre Computer Simulation of Liquids d'Allen et Tildesley. À partir de la page 71, les auteurs discutent des divers algorithmes utilisés pour intégrer les équations de mouvement de Newton dans les simulations de dynamique moléculaire (MD). À partir de la page 78, les auteurs discutent de...
Pour les applications nécessitant des ressources informatiques importantes, des performances élevées peuvent être un facteur critique lorsqu'il s'agit de fournir des résultats scientifiques ou de réaliser des "percées" dans un délai raisonnable. Combien de temps et d'efforts les développeurs de...
Habituellement, j'écris du code série, et quand je le fais, j'écris des tests unitaires avec un cadre de test de style xUnit (MATLAB xUnit, PyUnit / nose, ou le cadre de test C ++ de Google). Sur la base d'une recherche rapide sur Google, je n'ai pas beaucoup vu comment les praticiens testent le...
Les études de cas dans ma thèse de doctorat nécessitent que j'ai des extensions d'intervalle des sous - programmes Fortran dans CHEMKIN-II (excuses pour le lien; c'est la meilleure que j'ai pu trouver pour un package qui n'est plus distribué par le Sandia National Laboratory). CHEMKIN-II est un...
Je dois résoudre le même système linéaire clairsemé (300x300 à 1000x1000) avec de nombreux côtés droits (300 à 1000). En plus de ce premier problème, je voudrais également résoudre différents systèmes, mais avec les mêmes éléments non nuls (juste des valeurs différentes), c'est-à-dire de nombreux...
J'ai utilisé GSL comme base de plusieurs de mes simulations, mais c'est un peu exagéré pour mes besoins et il définit son propre type complexe pour des raisons héritées. Plutôt que de coder mon propre solveur Runge-Kutta ODE, qui ne serait probablement pas très efficace, existe-t-il des solveurs...