Comme le consensus général semble être d'utiliser des modèles mixtes via lmer()
en R au lieu de l'ANOVA classique (pour les raisons souvent citées, comme les conceptions déséquilibrées, les effets aléatoires croisés, etc.), je voudrais essayer avec mes données. Cependant, je crains de pouvoir "vendre" cette approche à mon superviseur (qui attend finalement une analyse classique avec une valeur de p) ou plus tard aux examinateurs.
Pourriez-vous recommander de bons exemples d'articles publiés qui utilisent des modèles mixtes ou lmer()
pour des conceptions différentes comme des mesures répétées ou de multiples conceptions intra et inter-sujets pour le domaine de la biologie, de la psychologie, de la médecine?
nlme
oulme4
.Réponses:
Mise à jour 3 (mai 2013): Un autre très bon article sur les modèles mixtes en psychologie a été publié dans le Journal of Memory and Language (bien que je ne sois pas d'accord avec les conclusions des auteurs sur la façon d'obtenir des valeurs p , voir le package à la
afex
place). Il explique très bien comment spécifier la structure des effets aléatoires. Allez le lire!Barr, DJ, Levy, R., Scheepers, C., et Tily, HJ (2013). Structure des effets aléatoires pour les tests d'hypothèse de confirmation: Gardez-la maximale . Journal of Memory and Language , 68 (3), 255-278. doi: 10.1016 / j.jml.2012.11.001
Mise à jour 2 (juillet 2012): Un article préconisant l'utilisation en psychologie (sociale) lorsqu'il y a des effets aléatoires croisés (par exemple, les participants et les items).
La grande chose est: il montre comment obtenir des valeurs p en utilisant le package pbkrtest :
Judd, CM, Westfall, J., et Kenny, DA (2012). Traiter les stimuli comme un facteur aléatoire en psychologie sociale: une solution nouvelle et complète à un problème omniprésent mais largement ignoré. Journal of Personality and Social Psychology , 103 (1), 54–69. doi: 10.1037 / a0028347
(uniquement disponible en tant que Word .doc)
Jake Westfall m'a dit (par mail) qu'une alternative pour obtenir les valeurs de p à l'approximation Kenward-Rogers préconisée (utilisée dans pbkrtest) est l'approximation de Satterthwaite (moins optimale), qui peut être trouvée dans le package MixMod en utilisant la
anovaTab
fonction.Petite mise à jour de la dernière mise à jour: Mon package R
afex
contient une fonctionmixed()
pour obtenir facilement des valeurs de p pour tous les effets dans un modèle mixte. Alternativement, lecar
package obtient désormais également des valeurs de p pour les modèles mixtes enAnova()
utilisanttest.statistic = "F"
UPDATE1: Un autre article décrivant lme4
Kliegl, R., Wei, P., Dambacher, M., Yan, M. et Zhou, X. (2011). Effets expérimentaux et différences individuelles dans les modèles mixtes linéaires: estimation de la relation entre les effets spatiaux, d'objets et d'attraction dans l'attention visuelle. Frontiers in Quantitative Psychology and Measurement , 1, 238. doi: 10.3389 / fpsyg.2010.00238
Réponse originale:
Je n'ai pas un certain nombre d'exemples, un seul (voir ci-dessous), mais je connais un article que vous devriez citer en psychologie / sciences cognitives. Le plus important est définitivement:
Baayen, RH, Davidson, DJ et Bates, DM (2008). Modélisation à effets mixtes avec effets aléatoires croisés pour les sujets et les objets. Journal of Memory and Language , 59 (4), 390–412. doi: 10.1016 / j.jml.2007.12.005
Un autre de Baayen est:
Baayen, RH et Milin, P. (2010). Analyse des temps de réaction. Journal international de recherche psychologique , 3 (2), 12-28.
En fait, j'ai aussi totalement aimé son livre, qui contient également un joli chapitre d'introduction sur le modèle mixte (et est assez bon marché pour un livre de statistiques):
Baayen, RH (2008). L' analyse des données linguistiques: une introduction pratique à l' aide de statistiques R . Cambridge, Royaume-Uni; New York: Cambridge University Press.
Je suppose qu'il utilise également beaucoup de documents
lme4
, mais comme mon intérêt principal n'est pas la psycholinguistique, vous voudrez peut-être consulter sa page d'accueil .De mon domaine (raisonnement), je connais ce papier qui utilise
lme4
:Fugard, AJB, Pfeifer, N., Mayerhofer, B., et Kleiter, GD (2011). Comment les gens interprètent les conditions: se déplace vers l'événement conditionnel. Journal of Experimental Psychology: Learning, Memory, and Cognition , 37 (3), 635–648. doi: 10.1037 / a0022329
(même si j'ai le sentiment qu'ils utilisent un test de rapport de vraisemblance pour comparer des modèles qui ne diffèrent que par les paramètres fixes, ce que j'ai entendu n'est pas la bonne façon. Je pense que vous devriez utiliser AIC à la place.)
la source
ez
package: groups.google.com/forum/#!topic/ez4r/GQTEtNziRwE Mike cite Pinheiro & Bates (2000) pour cela, voir le lien.Il s'agit d'un article très cité sur les modèles mixtes pour l'écologie et l'évolution:
la source
L'article suivant s'efforce de promouvoir l'utilisation de la modélisation à plusieurs niveaux dans les milieux des sciences sociales:
Pour citer le résumé:
Un examen des articles répertoriés sur Google Scholar comme citant cet article suggère plusieurs autres pistes utiles .
la source
lme
fromnlme
au lieu delmer
fromlme4
. (+1)Je lis Zuur, AF, Ieno, EN, Walker, N., Saveliev, AA, & Smith, GM (2009). Modèles à effets mixtes et extensions en écologie avec R . New York, NY: Springer Science + Business Media, LLC. Il est écrit pour les écologistes, donc les statistiques sont assez faciles à suivre; Je pense que ce serait utile pour les gens d'autres disciplines, comme la médecine ou la psychologie aussi. Il existe de nombreuses études de cas incluses, et chacune a une section détaillée sur la meilleure façon de rédiger les statistiques dans un document.
la source
Un excellent exemple d'utilisation de modèles mixtes en écologie est:
Malheureusement, il utilise des bibliothèques R plus anciennes.
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