Des idées pour le logiciel «cahier de laboratoire»?

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C'est donc un ajustement étrange, bien que je pense vraiment que c'est un ajustement étrange pour n'importe quel site, alors j'ai pensé l'essayer ici, parmi mes frères qui croient les données.

Je suis arrivé à l'épidémiologie et à la biostatistique de la biologie, et j'ai certainement encore des habitudes dans ce domaine. L'un d'eux tient un cahier de laboratoire. C'est utile pour documenter les pensées, les décisions, les réflexions sur l'analyse, etc. Tout en un seul endroit, tout est engagé pour que je puisse revenir sur l'analyse plus tard et avoir une idée de ce que j'ai fait.

Mais ce serait bien de déplacer cela dans le 21e siècle. En particulier parce que même si le système de cahier de laboratoire est suffisamment décent pour une personne et pour documenter les décisions, il serait bien de pouvoir joindre des tracés de l'EDA, des courriels de gestionnaires de données discutant d'un ensemble de données particulier, etc.

Je suppose que cela impliquera de truquer mon propre système à partir d'une union impie de nombreux bits différents, mais quelqu'un utilise-t-il actuellement un système et a-t-il des recommandations?

Fomite
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Je pense qu'il peut être OK de grand-père (c'est-à-dire, laisser ouvert) ce fil.
gung - Réintégrer Monica

Réponses:

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Ceux-ci sont appelés Electronic Lab Notebooks (ELN).

Voici quelques-unes des options open source que j'ai examinées:

  1. Le cahier Sage .

  2. Le nouveau bloc-notes IPython , qui peut désormais être exécuté en tant qu'application Web sur EC2 et Azure.

  3. Leo, qui peut être utilisé avec IPython et de nombreuses autres façons.

  4. Diverses solutions wiki, blogging et CMS.

Ed Hagen
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J'ai fini par utiliser un wiki Wikispaces gratuit comme substitut actuel de mon carnet de laboratoire expérimental.
Fomite
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Mon préféré: Evernote . Vous pouvez étiqueter des entrées (par exemple, «analyse», «idée», etc.), vous pouvez coller des images et des graphiques, et vous pouvez partager des cahiers avec des collaborateurs. Et: c'est fondamentalement gratuit (enfin, freemium). Mais l'édition gratuite me suffit absolument.

Felix S
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De plus, il existe des applications gratuites pour Android et iOS.
Jose Zubcoff
+1 Je trouve l'application mobile pour Evernote particulièrement utile lorsque vous vous promenez entre les laboratoires ou que vous notez une pensée lorsque vous êtes loin d'un ordinateur.
jthetzel
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Je ne l'ai jamais utilisé personnellement, mais Microsoft a un logiciel dans la suite Office appelé OneNote qui atteint un objectif similaire aux spécifications de votre ordinateur portable e-lab. Reportez-vous à leur site Web pour plus d'informations. Ils offrent également un essai gratuit fourni avec MS Office ici .

Christopher Aden
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@mbq avez-vous trouvé un remplacement Linux décent pour Onenote?
andreas-h
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J'ai trouvé Xmind utile. Vous pouvez attacher n'importe quoi et la structure arborescente est vraiment utile pour l'organisation. J'aime particulièrement la fonctionnalité où vous pouvez explorer le nœud (sujet). Il existe des logiciels plus similaires qui exploitent le même concept.

mpiktas
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Freeplane et Freemind sont deux alternatives gratuites que j'ai utilisées pour divers projets. Un nouveau fork de FreeMind est SciPlore MindMappings, qui inclut la prise en charge des références BibTeX et l'importation de signets à partir d'un PDF.
Wayne
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Personnellement, j'ai trouvé le «smartpen» Livescribe envoyé par Dieu.

il fusionne le fidèle `` charme du vieux monde '' d'un stylo et d'un carnet de notes traditionnels, mais inclut la possibilité d'enregistrer le son (qu'il synchronise avec vos traits de stylet) prêt pour une révision ultérieure. NB- il y a un inconvénient et c'est que vous devez acheter du papier spécial qui fonctionne avec le stylo ..... balançoires et round-a-bouts vraiment

L'audio / stylo alimente et peut être téléchargé sur le Web, puis attaché à de nombreux autres programmes déjà mentionnés ci-dessus.

Les étudiants que j'enseigne (biomécanique) adorent cela et trouvent plus facile qu'avant d'étudier plus tard des concepts difficiles (pré-inscription)

Andrew V
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Vous voudrez peut-être consulter la dernière version bêta de Zotero , qui est maintenant autonome et ne nécessite pas Firefox.

Wayne
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Zotero est un gestionnaire de bibliographie, pas un ELN.
nico
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@nico: Je pense que vous pouvez stocker tout ce que vous voulez dans Zotero, y compris vos propres documents. Ce n'est pas exactement un ELN, mais il est gratuit et faciliterait également l'inclusion (et l'indexation) d'autres matériaux.
Wayne
bien sûr, et c'est génial que vous l'ayez mentionné (je l'utilise beaucoup et c'est incroyable), mais d'autres alternatives open source spécifiquement conçues comme ELN existent, alors pourquoi ne pas les utiliser?
nico
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Consultez cet article, Embellir les données dans le monde réel , de Nature Precedings pour quelques idées.

Charlie
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c'est un bel article, mais cela aiderait à résumer certaines informations dans votre réponse
Abe
Salut @Abe, oui, ce serait plus utile. Je n'ai pas lu l'article moi-même, le trouvant juste hier et n'étant pas particulièrement intéressé par le sujet moi-même. Je pensais que je partagerais de toute façon.
Charlie
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Que diriez-vous d'un Boogie Board? Vous pouvez écrire vos notes sur une ardoise et les enregistrer comme c'est la même idée que le stylet LiveScribe mais vous pouvez les enregistrer sous forme de fichiers PDF ... Il n'est pas encore sorti, mais le sera dans moins d'un mois.

Berk U.
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NomanJaved