Quels outils open source sont disponibles pour visualiser les vibrations moléculaires?

Je voudrais visualiser une vibration moléculaire qui n'est pas un mode normal. Je voudrais présenter une représentation vectorielle statique du mouvement et je voudrais une certaine flexibilité dans le style vectoriel (taille, couleur, etc.). Je suis également intéressé à produire une vidéo de la vibration.

Quelles sont les bonnes ressources pour afficher les vibrations moléculaires?

Ma préférence va aux outils open source, mais je m'amuserai à utiliser des logiciels commerciaux si c'est vraiment mieux que les alternatives.

Would Pymol ou VMD être un outil adapté à vos besoins vidéo? (VMD inclut au moins des fonctionnalités de script Tk / Tcl.) Vous auriez besoin d'une description de type PDB de votre géométrie pour utiliser VMD; ce serait probablement suffisant pour Pymol également (mais je n'ai pas utilisé Pymol, donc peut-être que quelqu'un d'autre peut commenter cela).

La façon dont je le ferais serait probablement:

1. Mettez la géométrie moléculaire dans Avogadro
2. Configurer la vue pour qu'elle soit exactement telle que je la souhaite
3. Exporter vers POVRay , pas de rendu mais en conservant le fichier d'entrée
4. Déterminer quel atome est lequel dans le fichier POVRay
5. Ajouter des vecteurs à l'aide de cylindres et de cônes (probablement à l'aide d'une macro pour définir un vecteur pour le rendre plus facile et visuellement cohérent)

Avogadro peut également restituer des séquences d'entrée au format XYZ dans des animations à l'aide de POVRay et ffmpeg, mais ce n'est pas quelque chose que j'ai essayé depuis que j'utilise Windows pour le moment et Avogadro ne semble pas avoir une option pour spécifier où l'exécutable povray est si ce n'est pas sur votre chemin.

Selon que vous soyez ou non un passionné de Python, vous pouvez également définir les forces sur les atomes à l'aide de la console Avogadro Python, puis utiliser l'affichage du vecteur de force dans Avogadro, mais ce n'est pas quelque chose que j'ai essayé non plus.

Je ne connais aucun outil parfaitement pratique qui vous permette de saisir directement des paramètres de vibration et de les visualiser ou les animer.

Il existe un nouveau plugin VMD NMWiz qui pourrait être utile. NMWiz signifie Assistant Mode Normal, mais il vous aidera à visualiser tout vecteur décrivant une vibration. NMWiz est disponible dans la dernière version de VMD, 1.9.1, qui est en phase de test bêta.

Le format de fichier d'entrée pour NMWiz est simple, appelé NMD . Une ligne pour les coordonnées et une autre pour votre vecteur est suffisante. Vous pouvez afficher des flèches, les mettre à l'échelle, les redimensionner, les colorer comme vous le souhaitez. Il peut également générer des animations (vibrations) en générant une trajectoire à la volée et vous pouvez en faire un film de haute qualité en utilisant VMD.

Je ne connais aucun outil prêt à l'emploi ("pointer-cliquer") pour cette tâche. Mais en utilisant une combinaison de

1. Un court script Python
2. La boîte à outils de modélisation moléculaire
3. Chimère ou VMD

vous pouvez obtenir un bon résultat rapidement, étant donné certaines connaissances en Python. En fait, un script très similaire est fourni à titre d'exemple avec le Molecular Modeling Toolkit. Regardez Exemples / Visualisation / vector_field_chimera.py ou Exemples / Visualisation / vector_field_vmd.py. Vous devez remplacer le calcul du mode normal par tout ce qu'il faut pour obtenir vos données de vibration dans le script.

Avez-vous regardé Molekel ? Si vous n'avez besoin que de superpositions (non fractionnelles) de vibrations, Molekel devrait répondre à vos besoins.

NWChem comprend un script pour transformer une liste de coordonnées xyz en film. NWChem est OSS sous licence de style Apache afin que vous puissiez réutiliser comme vous le souhaitez.

Pour la visualisation des vibrations moléculaires, j'utilise Molden, ECCE, Avogadro et Jmol. Tous sont OSS (l'EPPE n'est que récemment). Vous pourrez peut-être les pirater pour faire ce que vous voulez.