N'étant pas avocat et étant moi-même citoyen d'un État membre de l'UE et de Schengen, je n'ai aucune expérience directe de ce type de problèmes, de sorte que tout ce que je vais dire devrait être pris avec un grain de sel. Néanmoins, je me demande si cela fait une différence dans la pratique (et, accessoirement, à quelle fréquence cela pourrait vraiment arriver). Il semble qu'un visa de long séjour émanant d'un des États membres de l'accord de Schengen (qui ne soit pas un visa de Schengen car l'accord de Schengen ne couvre que les séjours de courte durée et que chaque État membre reste essentiellement libre d'établir des règles régissant les visas de long séjour ) vous donne les mêmes droits, dans d'autres États membres, qu'un "visa uniforme" (c'est-à-dire plusieurs entrées dans l'espace Schengen pour un maximum de 90 jours de séjour par semestre).
Cette page Web du ministère français de l'Intérieur semble appuyer cette interprétation.
Selon cette page Web, pour pouvoir rentrer en France au bout de 5 mois, vous devez retourner dans le pays qui a délivré le visa de long séjour (c’est-à-dire l’Allemagne dans votre exemple), de la même manière qu’un «visa uniforme» nécessiterait: retournez dans un pays non-Schengen pour ne pas utiliser votre quota de 90 jours. Une chose que je ne sais pas, c'est comment vous pouvez documenter le fait que vous avez quitté la France si vous voyagez par la route au lieu de prendre un vol de correspondance puisqu'il n'y a pas de contrôle à la frontière entre la France et l'Allemagne. C’est la principale différence pratique par rapport à la situation en matière de visas uniformes dans la mesure où les frontières extérieures de Schengen sont surveillées et vous obtiendrez un cachet de sortie sur votre passeport, mais la règle des 90 jours s’applique dans les deux cas.
Plus important encore, un visa de long séjour en provenance d'Allemagne (ou de tout autre pays Schengen) ne vous autorise pas à rester en France (ou dans tout autre pays Schengen) aussi longtemps que vous le souhaitez (c.-à-d. Que l'Allemagne ne peut pas délivrer de visas de long séjour pour la France ou vice versa. ) afin que, dans les deux cas, vous utilisiez réellement votre droit de faire un court séjour en France. Ce n'est qu'après 5 ans de résidence en Allemagne que vous aurez effectivement droit à un visa de long séjour en France (en réalité un titre de séjour, il ne s'agit pas d'un visa mais d'un document séparé), mais cela n'a rien à voir avec Schengen, il s'agit d'une règle de l'UE qui ne s'applique pas aux pays Schengen non membres de l'UE (ni également au Royaume-Uni, à l'Irlande et au Danemark, bien qu'ils soient membres de l'UE en raison de leur désinscription, voir ici.). Cela vaut probablement aussi pour la Suisse via ses accords bilatéraux avec l'UE, mais je n'en suis pas tout à fait sûr. Je soupçonne que faire reconnaître ce droit ne soit pas toujours trivial dans la pratique.
De plus, je comprends qu'il existe des règles complexes concernant le transit côté piste. En fonction de votre nationalité, vous pourriez avoir droit à un transit sans visa dans les aéroports internationaux de certains ou de tous les pays de l'espace Schengen. Par conséquent, techniquement, avoir besoin d'un visa pour rester dans l'espace Schengen n'implique pas automatiquement l'obligation de le faire, selon votre cas.