Comment fonctionne la normalisation quantile?

Dans les études d'expression génique utilisant des puces à ADN, les données d'intensité doivent être normalisées afin que les intensités puissent être comparées entre les individus, entre les gènes. Sur le plan conceptuel et algorithmique, comment fonctionne la «normalisation quantile» et comment expliqueriez-vous cela à un non-statisticien?

genetics normalization microarray Stephen Turner
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C'est simple: c'est "évaluer sur une courbe". :-) Je donne un algorithme sur quantdec.com/envstats/notes/class_03/probability.htm ("Reading QQ plots").

whuber

Ce PDF explique la normalisation quantile avec un exemple simple et travaillé: plexdb.org/modules/documentation/RMAexplained.pdf Le document explique un processus plus large (RMA) mais la normalisation quantile est effectuée comme l'une des étapes.

JHubbard80

Réponses:

Une comparaison des méthodes de normalisation pour les données de réseaux d'oligonucléotides de haute densité basée sur la variance et le biais par Bolstad et al. introduit la normalisation quantile pour les données de tableau et les compare à d'autres méthodes. Il a une description assez claire de l'algorithme.

$j$ $\hat{F}^{-1} \circ \hat{G}_j$ $\hat{G}_j$ $\hat{F}^{-1}$ $\hat{G}_j$ $j$ $\hat{F}$

À la fin de la journée, c'est une méthode pour transformer tous les tableaux pour avoir une distribution commune des intensités.

NRH
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