OpenBugs contre JAGS

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Je suis sur le point d'essayer un environnement de type BUGS pour estimer les modèles bayésiens. Y at-il des avantages importants à considérer dans le choix entre OpenBugs ou JAGS? L'un est-il susceptible de remplacer l'autre dans un avenir prévisible?

Je vais utiliser le sampler choisi avec Gibbs avec R. Je n'ai pas encore d'application spécifique, mais je décide plutôt lequel installer et apprendre.

r software bugs jags gibbs DanB
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question similaire: stats.stackexchange.com/q/33315/5509
Curious

Réponses:

34

BUGS / OpenBugs a un système de construction particulier qui rend la compilation du code difficile, voire impossible, sur certains systèmes - tels que Linux (et IIRC OS X) où les utilisateurs devaient recourir à l'émulation Windows, etc.

Jags, d’autre part, est un tout nouveau projet écrit avec des outils GNU standard et, partant, portable à peu près partout - et donc utilisable n’importe où.

En bref, si votre système est Windows, vous avez le choix et le coût potentiel d’être bloqué par des bogues si vous vous déplacez un jour. Si vous n'êtes pas sous Windows, alors Jags est probablement le meilleur choix.

Dirk Eddelbuettel
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L'émulation sous Windows n'est pas nécessaire, la bibliothèque partagée peut être utilisée directement. Seule l'interface graphique ne fonctionne pas de cette façon, mais cela ne devrait pas poser de problème à DanB, qui souhaite l'invoquer depuis R.
GaBorgulya
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@GaBorgulya Malgré cela, si je choisissais entre deux outils, je choisirais celui qui fonctionnait le mieux pour le système choisi.
Fomite
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Comme indiqué dans la documentation, le package BRugs n’est actuellement pas pris en charge sous Linux 64 bits, ce qui peut entraîner des problèmes tels que celui que j’ai rencontré. C ne parvient pas à compiler lorsqu’il essaie de comprendre comment utiliser plot.coda avec mcmc.list la sortie de rjags en deux questions sur ce site et SO qui restent sans réponse.
David LeBauer
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Pour ceux qui trouvent cette question sur la route: il y a maintenant aussi Stan . Stan pourrait un jour remplacer OpenBUGS et JAGS, mais il ne prend pas encore en charge toutes les analyses effectuées par ces autres packages.

Jack Tanner
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Presque un an plus tard, je pensais faire un commentaire à ce sujet. Les développeurs semblent dédiés, et les choses qu’ils envisagent d’ajouter (inférence variationnelle!) Laissent présumer que Stan remplacera inévitablement OpenBUGS et JAGS. Cela étant dit, je n’y crois pas pour le moment et je ne l’utiliserais pour le moment que lorsque JAGS n’est pas une option. Il semble nécessiter plus de peaufinage pour obtenir des résultats raisonnables dans des problèmes complexes, plutôt que moins. Stan n'utilise pas du tout l'échantillonnage Gibbs, et pour les problèmes pour lesquels je sais que Gibbs fonctionnera, je ne peux pas justifier de l'utiliser. Je pense qu'à l'avenir, ces problèmes seront résolus.
mec
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@ MattTagg Je ne pense pas que mon évaluation ait changé, mais je ne suis pas un expert. Je l'ai beaucoup utilisé et amélioré, mais je n'ai pas suivi tous leurs développements. Il y a un tas de modèles où je voudrais pouvoir mélanger avec Gibbs NOIX simples d' échantillonnage mises à jour (un mélange de JAGSet STANessentiellement), mais cela ne semble pas être à l'horizon dans un avenir proche pour STANbien qu'il est certainement possible de le faire.
mec
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cool, bon à savoir merci. sur le point de commencer à travailler sur la nouvelle édition de "Doing Bayesian Data Analysis" avec des exemples mis à jour dans JAGS et STAN.
Cavalcade
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Revoir pour voir la comparaison la plus récente de JAGS et STAN. Lequel est le meilleur maintenant et lequel est le plus susceptible de l'être à l'avenir?
Itpetersen
Une question a été posée demandant de l’aide pour traduire un modèle de bogues en stan: stackoverflow.com/questions/53809468/… . - Toute aide serait très appréciée.
Krantz
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Je vous recommande de bousiller OpenBugs pour des raisons de rapidité. J'ai essayé les deux sur un système Linux, et jags est beaucoup plus rapide.

mra
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cela peut être spécifique au problème ...
Ben Bolker
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Je trouve que les gabarits fonctionnent mieux avec Linux et sont plus faciles à configurer, mais ils ne prennent pas en charge les analyses spatiales prises en charge par GeoBUGS. Donc, j'utilise OpenBUGS.

Astaines
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