Je veux calculer la fonction de survie prédite pour un modèle de risques proportionnels de Cox avec des termes de fragilité [en utilisant le package de survie]. Il semble que lorsque des termes de fragilité figurent dans le modèle, la fonction de survie prévue ne peut pas être calculée.
## Example
require(survival)
data(rats)
## Create fake weight
set.seed(90989)
rats$weight<-runif(nrow(rats),0.2,0.9)
## Cox model with gamma frailty on litter
fit <- coxph(Surv(time, status) ~ rx+weight+frailty(litter,dist="gamma"),
data = rats)
## Compute survival curve from the cox model for rx=0 and weight=0.5 kg
plot(survfit(fit, newdata=data.frame(rx=0,weight=0.5)),xlab = "time",
ylab="Survival")
## Running this line, I get following error message:
Error in survfit.coxph(fit, newdata = data.frame(rx = 0, weight = 0.5)) :
Newdata cannot be used when a model has sparse frailty terms
J'ai essayé d'utiliser des méthodes de calcul clairsemées et non clairsemées en utilisant des
sparse=TRUE, Sparse =FALSE, sparse =0, sparse=5
options. Cependant, aucun n'a fonctionné.
Comment calculer la courbe de survie prévue en fonction de mon modèle de fragilité?