Modèle binomial à effets mixtes négatifs zéro gonflé dans R

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Existe-t-il un tel ensemble qui prévoit une estimation du modèle binomial à effets mixtes négatifs gonflés zéro dans R?

J'entends par là:

  • Zero-inflation où vous pouvez spécifier le modèle binomial pour zéro inflation, comme dans la fonction zeroinfl dans le package pscl: 

    zeroinfl (y ~ X | Z, dist = "negbin")
    où Z est la formule du modèle d'inflation nulle;

  • Distribution binomiale négative pour la partie comptage du modèle;

  • Les effets aléatoires spécifiés sont similaires à la fonction lmer du package lme4.

Je comprends que glmmADMB peut faire tout cela, sauf que la formule pour une inflation zéro ne peut pas être spécifiée (c'est juste une interception, c'est-à-dire que Z est juste 1). Mais existe-t-il d'autres packages qui peuvent tout faire?

Je serai très reconnaissant pour votre aide!

r mixed-model count-data negative-binomial zero-inflation Nikita Samoylov
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Je cherche la même chose. Je pense que glmmADMB est ce que je veux, mais je ne peux pas le faire fonctionner.
gregmacfarlane
Je me demande si les packages ZIM ou aod peuvent faire ce que vous voulez faire?
Graeme Walsh
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En tant que mise à jour, le package glmmTMB de Ben Bolker prend en charge un modèle mixte linéaire généralisé gonflé à zéro (ZIGLMM).
JWilliman

Réponses:

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Je pense que c'est le package dont vous avez besoin: glmmADMB. Je l'ai téléchargé ici: http://otter-rsch.com/admbre/examples/glmmadmb/glmmADMB.html

Mais j'avais encore quelques problèmes pour le faire fonctionner, j'ai donc suivi les instructions fournies dans ce lien et maintenant cela fonctionne très bien http://glmmadmb.r-forge.r-project.org/

J'espère que cela t'aides!

RocioC
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Notez que ce package permet uniquement l'ajustement d'un terme constant pour la partie zéro inflation du modèle.
user2390246
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Le package pscl fournit un modèle de Poisson gonflé zéro. Je ne pense pas qu'il puisse faire un modèle binomial négatif, mais ce pourrait être un point de départ. L'article JSS lié traite également des packages associés, qui peuvent vous conduire à ce que vous recherchez.

Charlie
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Le package pscl autorise (maintenant) les modèles binomiaux négatifs en utilisantzeroinfl(..., dist = "negbin", ...)
user2390246
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Selon ce que vous essayez de faire, vous voudrez peut-être regarder le package aster . Les modèles Aster permettent une analyse conjointe de plusieurs variables qui ont des distributions de probabilité différentes, et ont récemment été mis à jour pour permettre des effets aléatoires . Ils ont été conçus pour l'analyse du cycle de vie et fonctionneront dans des situations où vous pouvez diviser votre réponse en différentes parties avec différentes distributions (par exemple, survie = Bernoulli, reproduction = Poisson). Ils peuvent gérer "l'inflation zéro" en modélisant la majorité des zéros comme bernoulli, et le reste de la réponse comme binôme négatif.

Vous trouverez de nombreux documents ici:

http://www.stat.umn.edu/geyer/aster/

JohnSG
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