J'ai effectué une ANOVA de mesures répétées en R, comme suit:
aov_velocity = aov(Velocity ~ Material + Error(Subject/(Material)), data=scrd)
summary(aov_velocity)
- Quelle syntaxe en R peut être utilisée pour effectuer un test post hoc après une ANOVA avec des mesures répétées?
- Le test de Tukey avec correction de Bonferroni serait-il approprié? Si oui, comment cela pourrait-il être fait dans R?
Réponses:
Ce que vous pourriez faire, c'est spécifier le modèle avec
lme
, puis utiliser àglht
partir dumultcomp
package pour faire ce que vous voulez. Cependant, lme donne des valeurs F légèrement différentes de celles d'une ANOVA standard (voir également mes questions récentes ici ).Pour d'autres contrastes, puis bonferroni, voir par exemple, le livre
multcomp
des auteurs du paquet .Vous pouvez également voir ce post sur la liste R-mailing , et ce billet de blog pour spécifier une des mesures répétées ANOVA dans R .
Cependant, comme le montre cette question de ma part, je ne sais pas si cette approche est identique à une ANOVA. De plus, glht ne signale que les valeurs z au lieu des valeurs t ou F habituelles . Cela semble également être rare.
Jusqu'à présent, je n'ai pas rencontré d'autre moyen de le faire.
la source
Si vous souhaitez vous en tenir à la
aov()
fonction, vous pouvez utiliser leemmeans
package qui peut géreraovlist
(et de nombreux autres ) objets.Après avoir créé un
emmGrid
objet comme suitil est très facile d'obtenir toutes les comparaisons (post hoc) par paires en utilisant la
pairs()
fonction ou tout contraste souhaité en utilisant lacontrast()
fonction duemmeans
package. Des ajustements de tests multiples peuvent être obtenus via l'adjust
argument de ces fonctions:Pour plus d'informations à ce sujet, j'ai trouvé les vignettes Emmeans détaillées et la documentation très utiles.
En outre, vous pouvez trouver un exemple complet (reproductible) comprenant une description sur la façon d'obtenir les poids de contraste corrects dans ma réponse ici .
Notez cependant que l'utilisation d'un modèle univarié pour les tests post hoc peut entraîner des valeurs p anti-conservatrices si la sphéricité est violée.
la source
Si la sphéricité est satisfaite, vous pouvez exécuter une ANOVA bidirectionnelle:
la source