La différence est que l'ensemble des fonctionnalités créées par la sélection des fonctionnalités doit être un sous-ensemble de l'ensemble original des fonctionnalités, et l'ensemble créé par la réduction de dimensionnalité n'a pas à le faire (par exemple, PCA réduit la dimensionnalité en créant de nouvelles fonctionnalités synthétiques à partir d'une combinaison linéaire de les originaux, puis en jetant les moins importants).
De cette façon, la sélection des fonctionnalités est un cas particulier de réduction de dimensionnalité.