Lieux de publication d'articles qui mettent l'accent sur les logiciels

Le logiciel est un élément fondamental de la science informatique et est de plus en plus reconnu comme un élément essentiel du dossier scientifique. Étant donné l'intérêt d'utiliser un code existant et bien testé, il semble utile de communiquer le plus largement possible l'existence de codes utiles et de créditer leurs créateurs. En milieu universitaire, cela signifie publier certains articles principalement axés sur les logiciels.

Où peut-on publier des travaux savants dont l'objectif principal est le logiciel de calcul? Pour être tout à fait clair, je fais référence à des travaux qui peuvent ne pas inclure de nouveaux mathématiques, algorithmes, etc. - ils sont vraiment axés sur les logiciels.

Je serais également intéressé à entendre de ceux qui ont soumis de tels articles à ces revues, à quoi ressemblait l'expérience et quels lieux ils recommandent.

Résumé des réponses données:

• Transactions sur des logiciels mathématiques
• Programmation scientifique
• Section du logiciel SIAM Journal on Scientific Computing (SISC)
• L'archive des logiciels numériques
• Calcul de recherche ouvert
• Communications en physique informatique
• Progrès des logiciels d'ingénierie
• Journal of Statistical Software
• Journal of Chemical Theory and Computation
• Code source pour la biologie et la médecine
• PLoS ONE
• Journal international de chimie quantique
• Épidémiologie
• Informatique en sciences et ingénierie
• Journal of Computational Chemistry
• Développement de modèles géoscientifiques
• Journal of Machine Learning Research
• Calcul de programmation mathématique
• Journal of Open Source Software
• SoftwareX

Il existe d'autres revues spécifiques à l'application à répertorier: telles que Journal of Computational Physics ou Computer Physics Communications , qui acceptent des articles sur les algorithmes ainsi que sur le logiciel utilisé pour les implémenter. Si vous êtes dans le domaine de la chimie, Journal of Chemical Theory and Computation pourrait être un autre journal à considérer. Tous ces éléments permettent la publication de packages — j'ai vu des codes que j'ai utilisés discutés en eux. Les ordinateurs et le génie chimique autorisent les documents d'implémentation de logiciels, mais ils doivent faire quelque chose d'original - il ne peut pas s'agir d'un document "d'avance incrémentielle".

Les progrès des logiciels d'ingénierie sont bons et les applications varient assez largement.

Le Journal of Statistical Software est un autre qui se concentre sur les logiciels, mais est spécifique à l'application. Beaucoup de R dans celui-ci.

Je dois ajouter que je n'ai jamais publié aucun de ces articles, donc je ne peux pas parler de cette expérience, mais je les suis et je trouve les articles de bonne qualité.

J'ai publié quelques articles sur les logiciels. L'un était dans BMC Source Code in Biology and Medicine - The Multiscale Systems Immunology project: software for cell-based immunological simulation and PLoS ONE - SNPpy - Database Management for SNP Data from Genome Wide Association Studies .

Ce sont deux projets très différents. Le premier est un système basé sur un agent de simulation écrit pour modéliser des systèmes d'immunologie, il appartient donc à la biologie computationnelle. Ce dernier est un système basé sur une base de données pour gérer les données SNP dans un contexte GWAS, il appartient donc à la bioinformatique.

En ce qui concerne l'expérience de l'édition, le temps d'attente était faible par rapport aux articles mathématiques, ce qui était bien. Les critiques ne m'ont pas donné de mal, ce qui était également bien. Du côté des inconvénients, la publication d'un document logiciel prend énormément de temps. Vous avez un papier et une base de code à traiter, sans parler de la documentation utilisateur.

Une chose que j'ai trouvée troublante est que j'ai vu peu de preuves que les examinateurs avaient réellement fait un effort pour exécuter le logiciel et aucune preuve qu'ils avaient compris la conception du code ou même regardé le code. Les deux revues ci-dessus avaient chacune deux rapports de relecteurs. Dans le premier cas (BMC), un critique a indiqué qu'il avait essayé d'installer / exécuter le logiciel et avait échoué (un problème que nous avons résolu), mais des quatre critiques, c'était la seule qui mentionnait spécifiquement quoi que ce soit sur le logiciel réel. La plupart des commentaires étaient plus généraux, concernant des questions scientifiques et abordant les points que j'avais soulevés dans le document. Dans l'ensemble, j'ai eu le sentiment que les critiques venaient de lire le document. Dans un monde idéal, un réviseur aurait également un certain intérêt pour la conception du logiciel et les détails du code, y compris des problèmes tels que les performances, les dépendances, la portabilité, extensibilité et tests. Les examinateurs de SNPpy ont posé des questions sur la portabilité et l'extensibilité. comme je l'avais affirmé dans le document que le logiciel était à la fois portable et extensible, mais je ne pense pas qu'ils aient réellement regardé le code. En toute honnêteté, avoir une idée de ce qu'est une base de code non triviale est un travail difficile, et peut-être plus que ce que l'on peut raisonnablement attendre d'un réviseur non rémunéré.

J'ai utilisé LaTeX pour ces deux documents. Dans le cas du PLoS, cela impliquait beaucoup de sauts dans les cerceaux pour donner au manuscrit l'apparence souhaitée, car ils n'utilisent pas réellement LaTeX et exécutaient un programme de conversion. PLoS a fait un gâchis de conversion de mes chiffres, qui ont été faits en utilisant TikZ, et étaient très agréables, mais vous ne le sauriez pas en regardant leur version. Il convient également de noter que PLoS ne fournit pas de preuves manuscrites.

Le Journal of Computational Chemistry (Section des articles spéciaux) et l' International Journal of Quantum Chemistry rapportent les logiciels et les algorithmes.

Deux que je n'ai pas encore vu sur cette liste, qui peuvent être d'intérêt pour quelqu'un d'autre que moi à un moment donné, est l' American Journal of Epidemiology and Epidemiology .

Si vous avez écrit un logiciel intelligent pour accomplir quelque chose qui intéresse les épidémiologistes, ils peuvent très bien le publier. J'ai vu au moins de courts articles récents sur les macros SAS pour effectuer une analyse statistique un peu plus sophistiquée, un programme qui effectue une régression de point de jonction et un programme qui fait des choses spécifiques au champ avec des graphiques acycliques dirigés.

Il s'avère que l'une des publications mentionnées était dans Epidemiology : http://journals.lww.com/epidem/Fulltext/2011/09000/DAGitty__A_Graphical_Tool_for_Analyzing_Causal.22.aspx

Aucun des journaux que je soupçonne ne dit et dit qu'ils recherchent des articles sur les logiciels - qu'en étant des revues spécifiques à un domaine dans une discipline qui n'est pas un logiciel, mais l'analyse incluant un logiciel n'est pas rare, et le lien est un exemple de article entièrement consacré à un produit logiciel.

AJE:

Les articles traitant de l'application pratique des méthodes épidémiologiques ou statistiques (comme la mise en œuvre de techniques statistiques ou l'évaluation des stratégies d'entrevue) sont publiés dans une section intitulée Pratique de l'épidémiologie.

Épidémiologie: l'article ci-dessus a été publié sous forme de lettre. Ils acceptent également les critiques de logiciels, si vous avez un collègue amical ou quelqu'un dans le domaine qui pourrait être intéressé.

Je sais pertinemment qu'ils encouragent les suppléments électroniques avec du code, et j'ai au moins quelque chose passé en revue avec un lien vers un référentiel Github.

Geoscientific Model Development est une revue en libre accès à cet effet. Comme d'autres revues de l'Union européenne de géophysique, elle a un processus d'examen ouvert .

Journal of Machine Learning Research (JMLR) a une piste «Machine Learning Open Source Software». C'est assez sélectif (ce qui, je pense, est une bonne chose). La revue est entièrement gratuite (pour les auteurs et les lecteurs) et dirigée par des bénévoles.

La Mathematical Optimization Society a récemment lancé le Journal

Calcul de programmation mathématique

De leurs "Objectifs et portée":

Le calcul de programmation mathématique (MPC) publie des articles de recherche originaux couvrant les problèmes de calcul en optimisation mathématique. Les articles présentent des logiciels innovants, des tests comparatifs, des environnements de modélisation, des bibliothèques de données et / ou des applications. Une caractéristique principale de la revue est l'inclusion de logiciels et de données d'accompagnement avec les manuscrits soumis.

Concernant les sujets, ils écrivent:

Les sujets abordés dans MPC incluent la programmation linéaire, l'optimisation convexe, l'optimisation non linéaire, l'optimisation stochastique, l'optimisation robuste, la programmation entière, l'optimisation combinatoire, l'optimisation globale, les algorithmes de réseau et les langages de modélisation.

L'informatique en sciences et en génie est une autre option. C'est un hybride d'une revue scientifique (avec des articles de fond avec comité de lecture) et d'un magazine (avec des colonnes régulières sans comité de lecture). Il publie des articles que ses lecteurs sont susceptibles de trouver intéressants. Un article sur le logiciel devrait donc contenir du matériel intéressant, par exemple sur des techniques spécifiques utilisées, qui sont utiles à un public plus large que le logiciel lui-même.

Je devrais peut-être ajouter que je suis membre du comité de rédaction de ce magazine.

La programmation scientifique est une option qui permet de se concentrer sur les techniques de programmation utilisées dans l'écriture de logiciels scientifiques. (Divulgation: je fais partie du comité consultatif de rédaction.)

Il existe des revues spécifiques aux applications

Ordinateurs et géosciences, Ordinateurs et fluides, Ordinateurs et structures,

etc.