Tout dépend de vos préférences personnelles. Le SDK Android fonctionne bien sur Ubuntu (je l'utilise tous les jours) et indépendant de l'IDE que vous choisissez d'utiliser.
Personnellement, j'utilise IntellJ IDEA. L'édition communautaire prend en charge Android et est gratuite. Eclipse est l'outil par défaut et est également gratuit et fonctionne bien aussi.
Je connais également de nombreuses personnes utilisant d'autres éditeurs comme vim, komodoedit et autres. Je suggérerais cependant d'utiliser l'une des deux premières suggestions.
En termes de construction de l'application, vous devriez envisager d'utiliser la version par défaut à l'aide d'Apache Ant ou vous pouvez également la construire, par exemple avec Apache Maven et le plug-in Maven Android. Dans tous les cas, trouvez un outil de construction indépendant de l'IDE que vous utilisez et éventuellement même utilisez un serveur d'intégration continue.