Pour les non-statisticiens comme moi, il est très difficile de saisir l'idée de VI
métrique (variation des informations) même après avoir lu l'article pertinent de Marina Melia " Comparing clusterings - An information based distance " (Journal of Multivariate Analysis, 2007). En fait, je ne connais pas la plupart des termes des regroupements.
Vous trouverez ci-dessous un MWE et j'aimerais savoir ce que signifie la sortie dans les différentes métriques utilisées. J'ai ces deux clusters en R et dans le même ordre d'id:
> dput(a)
structure(c(4L, 3L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 3L, 4L, 4L, 3L, 3L, 3L,
4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 3L, 4L, 4L, 4L, 3L, 4L, 4L, 3L, 4L, 4L, 4L,
1L, 1L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 3L, 4L, 4L, 3L, 4L, 4L, 2L, 2L,
4L, 3L, 3L, 2L, 2L, 2L, 4L, 3L, 4L, 4L, 3L, 1L, 4L, 3L, 4L, 4L,
4L, 3L, 4L, 4L, 4L, 4L, 2L, 2L, 2L, 4L, 3L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L,
4L, 4L, 4L, 4L, 3L, 4L, 4L, 3L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 3L, 4L,
4L, 3L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 3L, 4L, 4L, 4L, 4L, 2L, 2L, 4L
), .Label = c("1", "2", "3", "4"), class = "factor")
> dput(b)
structure(c(4L, 3L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 3L, 4L, 4L, 3L, 3L, 3L,
4L, 4L, 3L, 4L, 4L, 3L, 4L, 4L, 4L, 3L, 4L, 4L, 3L, 4L, 4L, 4L,
1L, 1L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 3L, 4L, 4L, 3L, 4L, 4L, 2L, 2L,
4L, 3L, 3L, 2L, 2L, 2L, 4L, 3L, 4L, 4L, 3L, 1L, 4L, 3L, 4L, 4L,
3L, 3L, 4L, 4L, 4L, 4L, 2L, 2L, 2L, 4L, 3L, 3L, 4L, 4L, 4L, 4L,
4L, 4L, 4L, 4L, 3L, 4L, 4L, 3L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 3L, 4L,
4L, 3L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 3L, 3L, 4L, 4L, 4L, 4L, 2L, 2L, 4L
), .Label = c("1", "2", "3", "4"), class = "factor")
Nous faisons maintenant des comparaisons basées sur les VI
métriques / indices ainsi que sur d'autres et dans l'ordre chronologique de leur apparition dans la littérature.
library(igraph)
# Normalized Mutual Information (NMI) measure 2005:
compare(a, b, method = c("nmi"))
[1] 0.8673525
# Variation of Information (VI) metric 2003:
compare(a, b, method = c("vi"))
[1] 0.2451685
# Jaccard Index 2002:
clusteval::cluster_similarity(a, b, similarity = c("jaccard"), method = "independence")
[1] 0.8800522
# van Dongen S metric 2000:
compare(a, b, method = c("split.join"))
[1] 8
# Adjusted Rand Index 1985:
compare(a, b, method = c("adjusted.rand"))
[1] 0.8750403
# Rand Index 1971:
compare(a, b, method = c("rand"))
[1] 0.9374788
Comme vous pouvez le voir, la VI
valeur était différente de toutes les autres.
- Que dit cette valeur (et comment est-elle liée à la figure ci-dessous)?
- Quelles sont les lignes directrices pour considérer cette valeur basse ou élevée?
- Y a-t-il des directives définies?
Peut-être que des experts dans le domaine peuvent fournir des descriptions sensées à des profanes comme moi lorsqu'ils essaient de rendre compte de tels résultats. J'apprécierais vraiment que quelqu'un fournisse également des lignes directrices pour d'autres mesures (quand considérer la valeur est grande ou petite, c'est-à-dire par rapport à une similitude entre deux grappes).
J'ai lu des fils de CV connexes ici et ici , mais je ne pouvais toujours pas saisir l'intuition derrière VI
. Quelqu'un peut-il expliquer cela en anglais simple?
La figure ci-dessous est la figure 2 de l'article mentionné ci-dessus VI
.
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Réponses:
Vous devez comprendre que les mesures peuvent avoir une interprétation différente.
À en juger par votre intrigue, un VI faible est bon.
ce qui est beaucoup plus conforme aux autres mesures.
Cependant, notez que la plupart de ces mesures mesurent quelque chose de différent .
Il n'y a aucune raison de supposer que, simplement parce qu'une mesure est de 0,8, une autre devrait également être de 0,8
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