J'essaie de spécifier une formule pour un modèle linéaire à effets mixtes (avec lme4
) pour ma conception expérimentale, mais je ne suis pas sûr de bien faire les choses.
La conception: en gros, je mesure un paramètre de réponse sur les plantes. J'ai 4 niveaux de traitement et 2 niveaux d'irrigation. Les plantes sont regroupées en 16 parcelles, au sein de chaque parcelle j'échantillon 4 sous-parcelles. Dans chaque sous-parcelle, je prends entre 15 et 30 observations (selon le nombre de plantes trouvées). Autrement dit, il y a un total de 1500 lignes.
Initialement, le niveau de la sous-parcelle était juste ici à des fins d'échantillonnage, mais j'ai pensé que j'aimerais en tenir compte dans le modèle (en tant que variable à 64 niveaux) parce que j'ai vu qu'il y avait beaucoup de variabilité d'une sous-parcelle à l'autre , même à l'intérieur d'une même parcelle (supérieure à la variabilité entre des parcelles entières).
Ma première idée a été d'écrire:
library(lme4)
fit <- lmer(y ~ treatment*irrigation + (1|subplot/plot), data=mydata)
ou
fit <- lmer(y ~ treatment*irrigation + (1|subplot) + (1|plot), data=mydata)
Est-ce exact? Je ne sais pas si je dois conserver les deux niveaux de tracé / sous-tracé dans ma formule. Aucun effet fixe n'est significatif mais les effets aléatoires sont très significatifs.
la source