Deux référentiels git dans un répertoire?

Est-il possible d'avoir 2 référentiels git dans un répertoire? Je ne pense pas, mais j'ai pensé que je demanderais. Fondamentalement, j'aimerais archiver les fichiers de configuration de mon répertoire personnel (par exemple .emacs) qui devraient être communs à toutes les machines sur lesquelles...