Désactiver les messages lors du chargement d'un package

Question 1

J'ai un package en R (ROCR) que je dois charger dans mon environnement R. Lors du chargement du package, un ensemble de messages est imprimé. C'est généralement bien, mais comme la sortie de mon script R est utilisée pour une analyse plus approfondie, je veux désactiver complètement toute cette sortie. Comment je fais ça? De plus, je préfère le faire sans avoir à modifier du tout ROCR, afin que les futurs utilisateurs de ce script n'aient pas à le faire non plus.

Jusque là:

sink()ne fonctionne pas ici - rediriger à la fois stdout et std err vers /dev/nullne fait rien pour moi.
Sans surprise, options(warnings=-1)ne fait rien non plus, car ce ne sont pas des avertissements en soi imprimés.

Des pensées?

Question 2

Utilisez simplement suppressMessages()autour de votre library()appel:

edd@max:~$ R

R version 2.14.1 (2011-12-22)
Copyright (C) 2011 The R Foundation for Statistical Computing
ISBN 3-900051-07-0
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
[...]

R> suppressMessages(library(ROCR))
R>                                               # silently loaded
R> search() 
 [1] ".GlobalEnv"         "package:ROCR"         # it's really there      
 [3] "package:gplots"     "package:KernSmooth"
 [5] "package:grid"       "package:caTools"   
 [7] "package:bitops"     "package:gdata"     
 [9] "package:gtools"     "package:stats"     
[11] "package:graphics"   "package:grDevices" 
[13] "package:utils"      "package:datasets"  
[15] "package:methods"    "Autoloads"         
[17] "package:base"      
R>

Question 3

La réponse de Dirk supprime tous les messages et n'est pas spécifique aux messages générés lors du chargement des packages.

La solution la plus précise à la question posée est:

suppressPackageStartupMessages(library(THE_PACKAGE_NAME))

Une explication un peu plus détaillée peut être trouvée ici

Question 4

Utilisez suppressPackageStartupMessages, voir la réponse de @MehradMahmoudian. Par souci d'exhaustivité, ajoutez des exemples d'utilisation:

Pour une bibliothèque, utilisez suppressPackageStartupMessages(...), par exemple:

suppressPackageStartupMessages(library(ggplot2))

Pour plusieurs bibliothèques, utilisez suppressPackageStartupMessages({...}), par exemple:

suppressPackageStartupMessages({
    library(ggplot2)
    library(ggdendro)
})

Question 5

library(ROCR, quietly = TRUE) pourrait être une option plus élégante.

Question 6

En ajoutant quietly = Tcomme indiqué ci-dessous, le problème sera résolu:

suppressWarnings(suppressMessages(library("dplyr", quietly = T)))

En cas de package multiple, vous pouvez utiliser:

## specify the package names
PKGs <- c("affy","gcrma","readxl","ggplot2","lattice" )

et ils utilisent lapply comme ci-dessous:

lapply(PKGs, library, character.only = TRUE ,quietly = T)

Answer 1

97

J'ai un package en R (ROCR) que je dois charger dans mon environnement R. Lors du chargement du package, un ensemble de messages est imprimé. C'est généralement bien, mais comme la sortie de mon script R est utilisée pour une analyse plus approfondie, je veux désactiver complètement toute cette sortie. Comment je fais ça? De plus, je préfère le faire sans avoir à modifier du tout ROCR, afin que les futurs utilisateurs de ce script n'aient pas à le faire non plus.

Jusque là:

sink()ne fonctionne pas ici - rediriger à la fois stdout et std err vers /dev/nullne fait rien pour moi.
Sans surprise, options(warnings=-1)ne fait rien non plus, car ce ne sont pas des avertissements en soi imprimés.

Des pensées?

r messages apprenant
la source

Quels messages sont imprimés?

1

Bien que la sortie entière ne soit pas nécessaire, les premières lignes sont: Loading required package: gplots Loading required package: gtools Loading required package: gdata- Notez que cela ne me permettra pas de formater le message correctement.

apprenant

Ensuite, chargez gplots, gtoolset gdataavant de charger ROCR.

2

@Jack, non, voir ma réponse ci-dessous pour la solution appropriée.

Dirk Eddelbuettel

6

Obligatoire "c'est un paquet, pas une bibliothèque" commenter ici

Spacedman

Answer 2

Quels messages sont imprimés?

Answer 3

1

Bien que la sortie entière ne soit pas nécessaire, les premières lignes sont: Loading required package: gplots Loading required package: gtools Loading required package: gdata- Notez que cela ne me permettra pas de formater le message correctement.

apprenant

Answer 4

Ensuite, chargez gplots, gtoolset gdataavant de charger ROCR.

Answer 5

2

@Jack, non, voir ma réponse ci-dessous pour la solution appropriée.

Dirk Eddelbuettel

Answer 6

6

Obligatoire "c'est un paquet, pas une bibliothèque" commenter ici

Spacedman

Answer 7

147

Utilisez simplement suppressMessages()autour de votre library()appel:

edd@max:~$ R

R version 2.14.1 (2011-12-22)
Copyright (C) 2011 The R Foundation for Statistical Computing
ISBN 3-900051-07-0
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
[...]

R> suppressMessages(library(ROCR))
R>                                               # silently loaded
R> search() 
 [1] ".GlobalEnv"         "package:ROCR"         # it's really there      
 [3] "package:gplots"     "package:KernSmooth"
 [5] "package:grid"       "package:caTools"   
 [7] "package:bitops"     "package:gdata"     
 [9] "package:gtools"     "package:stats"     
[11] "package:graphics"   "package:grDevices" 
[13] "package:utils"      "package:datasets"  
[15] "package:methods"    "Autoloads"         
[17] "package:base"      
R>

Dirk Eddelbuettel
la source

19

N'êtes-vous pas censé utiliser suppressPackageStartupMessages?

hadley

9

Aucun gain net à part dépenser X personnages supplémentaires. De plus, suppressPackageStartupMessagessupprime uniquement les messages de démarrage où, comme mon préféré, suppressMessages()supprime tous les messages (mais pas cat()comme je me souviens). Mais on n'est pas censé l'utiliser dans le texte de démarrage.

Dirk Eddelbuettel

1

C'est également formidable que la suggestion de Dirk supprime également les messages des packages dépendants lorsqu'ils sont chargés.

Matt Bannert

2

Existe-t-il un moyen de capturer ces messages de démarrage? Je peux capturer les avertissements et les erreurs, mais je ne sais pas comment capturer d'autres messages de ce type.

Adrian

1

@Adrian oui, enroulez-vous dans tryCatch et fournissez un gestionnaire de messages

jangorecki

Answer 8

19

N'êtes-vous pas censé utiliser suppressPackageStartupMessages?

hadley

Answer 9

9

Aucun gain net à part dépenser X personnages supplémentaires. De plus, suppressPackageStartupMessagessupprime uniquement les messages de démarrage où, comme mon préféré, suppressMessages()supprime tous les messages (mais pas cat()comme je me souviens). Mais on n'est pas censé l'utiliser dans le texte de démarrage.

Dirk Eddelbuettel

Answer 10

1

C'est également formidable que la suggestion de Dirk supprime également les messages des packages dépendants lorsqu'ils sont chargés.

Matt Bannert

Answer 11

2

Existe-t-il un moyen de capturer ces messages de démarrage? Je peux capturer les avertissements et les erreurs, mais je ne sais pas comment capturer d'autres messages de ce type.

Adrian

Answer 12

1

@Adrian oui, enroulez-vous dans tryCatch et fournissez un gestionnaire de messages

jangorecki

Answer 13

La réponse de Dirk supprime tous les messages et n'est pas spécifique aux messages générés lors du chargement des packages.

La solution la plus précise à la question posée est:

suppressPackageStartupMessages(library(THE_PACKAGE_NAME))

Une explication un peu plus détaillée peut être trouvée ici

Answer 14

Utilisez suppressPackageStartupMessages, voir la réponse de @MehradMahmoudian. Par souci d'exhaustivité, ajoutez des exemples d'utilisation:

Pour une bibliothèque, utilisez suppressPackageStartupMessages(...), par exemple:

suppressPackageStartupMessages(library(ggplot2))

Pour plusieurs bibliothèques, utilisez suppressPackageStartupMessages({...}), par exemple:

suppressPackageStartupMessages({
    library(ggplot2)
    library(ggdendro)
})

Answer 15

1

library(ROCR, quietly = TRUE) pourrait être une option plus élégante.

Andrei Martins
la source

4

pas vraiment, essayezlibrary(data.table, quietly = TRUE)

Gaurav Singhal

Answer 16

4

pas vraiment, essayezlibrary(data.table, quietly = TRUE)

Gaurav Singhal

Answer 17

En ajoutant quietly = Tcomme indiqué ci-dessous, le problème sera résolu:

suppressWarnings(suppressMessages(library("dplyr", quietly = T)))

En cas de package multiple, vous pouvez utiliser:

## specify the package names
PKGs <- c("affy","gcrma","readxl","ggplot2","lattice" )

et ils utilisent lapply comme ci-dessous:

lapply(PKGs, library, character.only = TRUE ,quietly = T)

Désactiver les messages lors du chargement d'un package

Réponses: