Lors de l'installation de rJava à l'aide de la install.packages("rJava")commande, j'obtiens l'erreur suivante:

checking Java support in R... present:
interpreter : '/usr/bin/java'
archiver    : '/usr/bin/jar'
compiler    : '/usr/bin/javac'
header prep.: '/usr/bin/javah'
cpp flags   : '-I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../include -I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../include/linux'
java libs   : '-L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/lib/amd64/server -L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/lib/amd64 -L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../lib/amd64 -L -L/usr/java/packages/lib/amd64 -L/usr/lib64 -L/lib64 -L/lib -L/usr/lib -ljvm'
checking whether JNI programs can be compiled... yes
checking JNI data types... configure: error: One or more JNI types differ from the corresponding native type. You may need to use non-standard compiler flags or a different compiler in order to fix this.
ERROR: configuration failed for package ‘rJava’

J'ai installé le JDK Java et java -versionrenvoie ce qui suit:

$ java -version
java version "1.6.0_20"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0_20-b02)

Lorsque je cherche l'erreur sur Google, je vois que d'autres ont le même problème mais ne trouvent pas de solution autre que "installer le JDK entier, pas seulement le JRE", ce que j'ai fait.

L'autre chose que j'ai lue était de courir sudo R CMD javareconfqui fonctionne assez heureusement sans erreurs.

Des idées sur mon problème?

[[EDIT]] Cela fait quelques mois que j'ai eu ce problème. J'avais initialement résolu cela en éditant mes chemins Java, comme illustré dans la réponse que j'ai publiée ci-dessous. J'ai récemment rencontré le même problème sur une nouvelle installation d'Ubuntu. J'ai essayé la recommandation de Dirk d'utiliser apt-get pour installer le paquet rJava. Cela a parfaitement fonctionné. Ce que je n'ai pas compris au départ, c'est que l'installation de packages à l'aide de la méthode apt-get d'Ubuntu est fondamentalement différente du simple chargement du même package à l'aide de install.packages () à l'intérieur de R. Les packages Ubuntu résolvent certains problèmes que je n'ai pas réalisé ou apprécié .

Ne serait pas

apt-get install r-cran-rjava

ont été plus faciles? Vous auriez pu me demander à useR! :)

Il s'avère que mon problème était un problème avec ma JAVA_HOMEvariable d'environnement. Oui, choquant je sais. Mon réglage initial pour PATHet JAVA_HOMEressemblait à ceci:

export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-6-sun
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin

Et j'ai ajouté /jredonc ça ressemble maintenant à ceci:

export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-6-sun/jre
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin

Tout en Java semblait fonctionner /jrecorrectement sans le mais rJava ne le ferait pas. Impair.

Merci - votre suggestion $JAVA_HOMEme mène à une solution similaire:

prompt$ unset JAVA_HOME

avant d'invoquer R.

Je suis tombé sur le même problème et cela a fonctionné après l'exécution des commandes ci-dessous.

export JAVA_LIBS="$JAVA_LIBS -ldl"
R CMD javareconf

Voir les détails sur http://www-01.ibm.com/support/knowledgecenter/SSPT3X_3.0.0/com.ibm.swg.im.infosphere.biginsights.install.doc/doc/install_install_r.html

Voilà comment je le fais fonctionner:

Sous Linux (Ubuntu 16.04)

sudo apt-get install default-jre
sudo apt-get install default-jdk
sudo R CMD javareconf

en R:

install.packages("rJava")

Cela a fonctionné pour moi sur Ubuntu 12.04 et R version 3.0

cd /usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.26/include

c'est le répertoire qui contient jni.h

Ensuite, créez un lien logiciel vers un autre fichier d'en-tête requis (je suis trop paresseux pour savoir comment inclure plus d'un répertoire dans l'option JAVA_CPPFLAGS ci-dessous):

sudo ln -s linux/jni_md.h .

finalement

sudo R CMD javareconf JAVA_CPPFLAGS=-I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.26/include

ci-dessous est l'une de mes réponses sur un autre message - erreur: impossible de charger les packages installés pour le moment
(ceci est également pertinent pour cette question)

Pour les utilisateurs Linux (Ubuntu): Si vous avez installé oracle-java (7/8) . Ce sera à cet endroit /usr/lib/jvmetsudo accès est requis.

Créez le fichier /etc/ld.so.conf.d/java.confavec les entrées suivantes:

/usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/lib/amd64
/usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/lib/amd64/server

(Remplacez java-8-oracle par java-7-oracle selon votre version java)

Ensuite:

sudo ldconfig

Redémarrez RStudio, puis installez le package rJava.

Exécution de R sous Gentoo sur un AMD64. Je suis passé à R 2.12.0

R version 2.12.0 (2010-10-15) Copyright (C) 2010 The R Foundation for Statistical Computing ISBN 3-900051-07-0 Plate-forme: x86_64-pc-linux-gnu (64 bits) et ces messages embêtants ont disparu une façon.

Jan Vandermeer

J'ai essayé d'installer openjdk-7- * mais j'ai toujours eu des problèmes pour installer rJava. Il s'avère qu'après avoir redémarré mon ordinateur, il n'y a eu aucun problème.

alors

sudo apt-get install openjdk-7-*


RESTART after installing java, then try to install package "rJava" in R

Le package rJava recherche le /usr/lib/jvm/default-java/dossier. Mais ce n'est pas disponible par défaut. Ce dossier a un lien symbolique pour le java par défaut configuré pour le système.

Pour activer le Java par défaut, installez les packages suivants:

sudo apt-get install default-jre default-jre-headless

Testé sur ubuntu 17.04 avec CRAN R 3.4.1

Ce qui a fonctionné pour moi, c'est de changer JAVA_HOME du fichier /usr/lib/R/etc/javaconf

J'ai d' abord vérifié ce qui était ma version de Java activée: sudo update-alternatives --config java. Dans mon cas, c'étaitjava-8-oracle

J'ai ouvert le fichier /usr/lib/R/etc/javaconfet remplacé default-javapar java-8-oracle:

${JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/default-java}

remplacé par :

${JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-8-oracle}

Puis sudo R CMD javareconf

J'ai redémarré RStudio et j'ai pu ensuite installer rJava.

ce que je fais est ici:

1. dans /etc/apt/sources.list, ajoutez:

   deb http://ftp.de.debian.org/debian sid main

Remarque: le rjava doit être la dernière version

2 exécuter: sudo apt-get update sudo apt-get install r-cran-rjava

Une fois la mise à jour de l'ancienne version de rjava, vous pouvez installer rhdfs_1.0.8.

Je l'ai fait fonctionner en téléchargeant: https://cran.r-project.org/src/contrib/rJava_0.9-8.tar.gz et en exécutant la commande R CMD install rJava_0.9-8.tar.gz

J'étais confronté au même problème en utilisant Windows 10. J'ai résolu le problème en utilisant la procédure suivante

1. Téléchargez Java sur https://java.com/en/download/windows-64bit.jsp pour Windows 64 bits \ Installez-le
2. Téléchargez le kit de développement Java depuis https://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jdk8-downloads-2133151.html pour Windows 64 bits \ Installez-le
3. Cliquez ensuite avec le bouton droit sur l'icône «Ce PC» dans le bureau \ Propriétés \ Paramètres système avancés \ Avancé \ Variables d'environnement \ Sous Variables système, sélectionnez Chemin \ Cliquez sur Modifier \ Cliquez sur Nouveau \ Copier et coller les chemins "C: \ Program Files \ Java \ jdk1 .8.0_201 \ bin »et« C: \ Program Files \ Java \ jre1.8.0_201 \ bin »(sans guillemets) \ OK \ OK \ OK

Remarque : jdk1.8.0_201 et jre1.8.0_201 seront modifiés en fonction de la version du kit de développement Java et de Java

4. Dans la fenêtre Variables d'environnement, allez dans Variables utilisateur pour l'utilisateur \ Cliquez sur Nouveau \ Mettez le nom de la variable comme "JAVA_HOME" et la valeur de la variable comme "C: \ Program Files \ Java \ jdk1.8.0_201 \ bin" \ Appuyez sur OK

Pour vérifier l'installation, ouvrez CMD \ Tapez javac \ Appuyez sur Entrée et tapez java \ Appuyez sur Entrée Il affichera

Dans RStudio exécuter

Sys.setenv(JAVA_HOME="C:\\Program Files\\Java\\jdk1.8.0_201")

Remarque : jdk1.8.0_201 sera modifié en fonction de la version du kit de développement Java

Vous pouvez maintenant installer et charger le package rJava sans aucun problème.

Le problème était que rJava ne s'installe pas dans RStudio( Version 1.0.136). Ce qui suit a fonctionné pour moi ( macOS Sierra version 10.12.6) (trouvé ici ):

Étape 1: Téléchargez et installez à javaforosx.dmgpartir d' ici

Étape 2: Ensuite, exécutez la commande depuis RStudio:

install.packages("rJava", type = 'source')

J'ai rencontré un problème similaire sur Ubuntu 16.04 et j'ai pu le résoudre en créant un dossier nommé "default-java" /usr/lib/jvmet en y copiant tout le contenu du fichier /usr/lib/jvm/java-8-oracle. J'ai opté pour cette solution car la correction de la variable d'environnement JAVA_HOME s'est avérée inutile.