Comment combiner deux fichiers RMarkdown (.Rmd) en une seule sortie?

J'ai deux fichiers dans le même dossier: chapitre1.Rmd et chapitre2.Rmd, avec le contenu suivant:

chapitre1.Rmd

---
title: "Chapter 1"
output: pdf_document
---

## This is chapter 1. {#Chapter1}

Next up: [chapter 2](#Chapter2)

chapitre2.Rmd

---
title: "Chapter 2"
output: pdf_document
---

## This is chapter 2. {#Chapter2}

Previously: [chapter 1](#Chapter1)

Comment puis-je les tricoter pour qu'ils se combinent en une seule sortie PDF?

Bien sûr, render(input = "chapter1.Rmd", output_format = "pdf_document")fonctionne parfaitement mais render(input = "chapter1.Rmd", input = "chapter2.Rmd", output_format = "pdf_document")ne fonctionne pas.

Pourquoi est-ce que je veux faire ça? Décomposer un document géant en fichiers logiques.

J'ai utilisé le package bookdown de @hadley pour créer du latex à partir de .Rmd mais cela semble exagéré pour cette tâche particulière. Existe-t-il une solution simple utilisant la ligne de commande knitr / pandoc / linux qui me manque? Merci.

Mise à jour d'août 2018: Cette réponse a été rédigée avant l'avènement du bookdown , qui est une approche plus puissante pour écrire des livres basés sur Rmarkdown. Découvrez l' exemple de bookdown minimal dans la réponse de @ Mikey-Harper !

Lorsque je veux diviser un rapport volumineux en Rmd séparé, je crée généralement un Rmd parent et j'inclus les chapitres en tant qu'enfants. Cette approche est facile à comprendre pour les nouveaux utilisateurs, et si vous incluez une table des matières (toc), il est facile de naviguer entre les chapitres.

report.Rmd

---  
title: My Report  
output: 
  pdf_document:
    toc: yes 
---

```{r child = 'chapter1.Rmd'}
```

```{r child = 'chapter2.Rmd'}
```

chapitre1.Rmd

# Chapter 1

This is chapter 1.

```{r}
1
```

chapitre2.Rmd

# Chapter 2

This is chapter 2.

```{r}
2
```

Construire

rmarkdown::render('report.Rmd')

Ce qui produit:

Et si vous voulez un moyen rapide de créer les blocs pour vos documents enfants:

rmd <- list.files(pattern = '*.Rmd', recursive = T)
chunks <- paste0("```{r child = '", rmd, "'}\n```\n")
cat(chunks, sep = '\n')
# ```{r child = 'chapter1.Rmd'}
# ```
#
# ```{r child = 'chapter2.Rmd'}
# ```

Je recommanderais aux gens d'utiliser le package bookdown pour créer des rapports à partir de plusieurs fichiers R Markdown. Il ajoute de nombreuses fonctionnalités utiles telles que les références croisées qui sont très utiles pour les documents plus longs.

En adaptant l'exemple de @Eric , voici un exemple minimal de la configuration de la réservation . Le détail principal est que le fichier principal doit être appelé index.Rmdet doit inclure la ligne YAML supplémentaire site: bookdown::bookdown_site:

index.Rmd

---
title: "A Minimal bookdown document"
site: bookdown::bookdown_site
output:
  bookdown::pdf_document2:
    toc: yes
---

01-intro.Rmd :

# Chapter 1

This is chapter 1.

```{r}
1
```

02-intro.Rmd :

# Chapter 2

This is chapter 2.

```{r}
2
```

Si nous index.Rmd tricotons, le bookdown fusionnera tous les fichiers dans le même répertoire par ordre alphabétique (ce comportement peut être modifié en utilisant un _bookdown.ymlfichier supplémentaire ).

Une fois que vous vous êtes familiarisé avec cette configuration de base, il est facile de personnaliser le document bookdown et les formats de sortie en utilisant des fichiers de configuration supplémentaires, c'est _bookdown.yml-à- dire et_output.yml

Lectures complémentaires

• R Markdown: Le guide définitif : Le chapitre 11 offre un excellent aperçu de la réservation
• La création de livres avec bookdown fournit un guide complet sur bookdown, et recommandé pour des détails plus avancés.

Cela a fonctionné pour moi:

Rmd_bind <- 
    function(dir = ".",
    book_header = readLines(textConnection("---\ntitle: 'Title'\n---")))
{
    old <- setwd(dir)
    if(length(grep("book.Rmd", list.files())) > 0){
    warning("book.Rmd already exists")
    }
    write(book_header, file = "book.Rmd", )
    cfiles <- list.files(pattern = "*.Rmd", )
    ttext <- NULL
    for(i in 1:length(cfiles)){
    text <- readLines(cfiles[i])
    hspan <- grep("---", text)
    text <- text[-c(hspan[1]:hspan[2])]
    write(text, sep = "\n", file = "book.Rmd", append = T)
    }
    render("book.Rmd", output_format = "pdf_document")
    setwd(old)
    }

Imaginez qu'il existe une meilleure solution et que ce serait bien d'avoir quelque chose comme ça dans les packages rmarkdown ou knitr.