write.table écrit une colonne vide de début indésirable dans l'en-tête lorsqu'il a des noms de rôle

vérifiez cet exemple:

> a = matrix(1:9, nrow = 3, ncol = 3, dimnames = list(LETTERS[1:3], LETTERS[1:3]))
> a
  A B C
A 1 4 7
B 2 5 8
C 3 6 9

le tableau s'affiche correctement. Il existe deux manières différentes de l'écrire dans un fichier ...

write.csv(a, 'a.csv') ce qui donne comme prévu:

"","A","B","C"
"A",1,4,7
"B",2,5,8
"C",3,6,9

et write.table(a, 'a.txt')qui bousille

"A" "B" "C"
"A" 1 4 7
"B" 2 5 8
"C" 3 6 9

en effet, il manque un onglet vide ... ce qui est pénible pour les choses en aval. Est-ce un bug ou une fonctionnalité? Y at-il un travail autour? (autre que write.table(cbind(rownames(a), a), 'a.txt', row.names=FALSE)

Salut, yannick

Citant ?write.table, section fichiers CSV :

Par défaut, il n'y a pas de nom de colonne pour une colonne de noms de ligne. Si col.names = NAet row.names = TRUEun nom de colonne vide est ajouté, qui est la convention utilisée pour les fichiers CSV à lire par des feuilles de calcul.

Alors tu dois faire

write.table(a, 'a.txt', col.names=NA)

et vous obtenez

"" "A" "B" "C"
"A" 1 4 7
"B" 2 5 8
"C" 3 6 9

Une légère modification de la réponse très utile @Marek ajoutera un en-tête à la colonne rownames: ajoutez temporairement les rownames comme première colonne dans le data.frame, et écrivez cela, en ignorant les vrais rownames.

> a = matrix(1:9, nrow = 3, ncol = 3, dimnames = list(LETTERS[1:3], LETTERS[1:3]))
> write.table(data.frame("H"=rownames(a),a),"a.txt", row.names=FALSE)

et vous obtenez

"H" "A" "B" "C"
"A" 1 4 7
"B" 2 5 8
"C" 3 6 9

Pour toute personne travaillant dans le tidyverse (dplyr, etc.), la rownames_to_column()fonction du paquet tibble peut être utilisée pour convertir facilement row.names en colonne, par exemple:

library('tibble')
a = as.data.frame(matrix(1:9, nrow=3, ncol=3, 
                  dimnames=list(LETTERS[1:3], LETTERS[1:3])))

a %>% rownames_to_column('my_id')

  my_id A B C
1     A 1 4 7
2     B 2 5 8
3     C 3 6 9

En combinant cela avec l' row.names=FALSEoption in, vous write.table()obtenez une sortie avec des noms d'en-tête pour toutes les colonnes.

Pour ceux qui rencontrent le même problème lors de l'enregistrement d'une matrice avec write.table()et souhaitent conserver la colonne row.names, il existe en fait une solution extrêmement simple:

 write.table(matrix,file="file.csv",quote=F,sep=";", row.names=T
             col.names=c("row_name_col;val1_col","val2_col"))

En faisant cela, vous incitez la write.tablefonction à créer une étiquette d'en-tête pour la colonne row.names. Le fichier .csv résultant ressemblerait à ceci:

row_name_col;val1_col;val2_col
row1;1;4 
row2;2;5 
row3;3;6 

J'ai révisé une fonction simple de @mnel, qui ajoute de la flexibilité en utilisant des connexions. Voici la fonction:

my.write <- function(x, file, header, f = write.csv, ...){
# create and open the file connection
datafile <- file(file, open = 'wt')
# close on exit 
on.exit(close(datafile))
# if a header is defined, write it to the file (@CarlWitthoft's suggestion)
if(!missing(header)) {
writeLines(header,con=datafile, sep='\t')
writeLines('', con=datafile, sep='\n')
}
# write the file using the defined function and required addition arguments  
f(x, datafile,...)
}

Vous pouvez spécifier la fonction comme étant «write.table», «write.csv», «write.delim», etc.

À votre santé!