Ajouter une légende commune pour les ggplots combinés

J'ai deux ggplots avec lesquels je m'aligne horizontalement grid.arrange. J'ai parcouru de nombreux messages sur le forum, mais tout ce que j'essaye semble être des commandes qui sont maintenant mises à jour et nommées autre chose.

Mes données ressemblent à ceci;

# Data plot 1                                   
        axis1     axis2   
group1 -0.212201  0.358867
group2 -0.279756 -0.126194
group3  0.186860 -0.203273
group4  0.417117 -0.002592
group1 -0.212201  0.358867
group2 -0.279756 -0.126194
group3  0.186860 -0.203273
group4  0.186860 -0.203273

# Data plot 2   
        axis1     axis2
group1  0.211826 -0.306214
group2 -0.072626  0.104988
group3 -0.072626  0.104988
group4 -0.072626  0.104988
group1  0.211826 -0.306214
group2 -0.072626  0.104988
group3 -0.072626  0.104988
group4 -0.072626  0.104988

#And I run this:
library(ggplot2)
library(gridExtra)


groups=c('group1','group2','group3','group4','group1','group2','group3','group4')

x1=data1[,1]
y1=data1[,2]

x2=data2[,1]
y2=data2[,2]

p1=ggplot(data1, aes(x=x1, y=y1,colour=groups)) + geom_point(position=position_jitter(w=0.04,h=0.02),size=1.8)

p2=ggplot(data2, aes(x=x2, y=y2,colour=groups)) + geom_point(position=position_jitter(w=0.04,h=0.02),size=1.8)

#Combine plots
p3=grid.arrange(
p1 + theme(legend.position="none"), p2+ theme(legend.position="none"), nrow=1, widths = unit(c(10.,10), "cm"), heights = unit(rep(8, 1), "cm")))

Comment extraire la légende de l'un de ces tracés et l'ajouter au bas / au centre du tracé combiné?

Mise à jour 2015-février

Voir la réponse de Steven ci-dessous

df1 <- read.table(text="group   x     y   
group1 -0.212201  0.358867
group2 -0.279756 -0.126194
group3  0.186860 -0.203273
group4  0.417117 -0.002592
group1 -0.212201  0.358867
group2 -0.279756 -0.126194
group3  0.186860 -0.203273
group4  0.186860 -0.203273",header=TRUE)

df2 <- read.table(text="group   x     y   
group1  0.211826 -0.306214
group2 -0.072626  0.104988
group3 -0.072626  0.104988
group4 -0.072626  0.104988
group1  0.211826 -0.306214
group2 -0.072626  0.104988
group3 -0.072626  0.104988
group4 -0.072626  0.104988",header=TRUE)


library(ggplot2)
library(gridExtra)

p1 <- ggplot(df1, aes(x=x, y=y,colour=group)) + geom_point(position=position_jitter(w=0.04,h=0.02),size=1.8) + theme(legend.position="bottom")

p2 <- ggplot(df2, aes(x=x, y=y,colour=group)) + geom_point(position=position_jitter(w=0.04,h=0.02),size=1.8)

#extract legend
#https://github.com/hadley/ggplot2/wiki/Share-a-legend-between-two-ggplot2-graphs
g_legend<-function(a.gplot){
  tmp <- ggplot_gtable(ggplot_build(a.gplot))
  leg <- which(sapply(tmp$grobs, function(x) x$name) == "guide-box")
  legend <- tmp$grobs[[leg]]
  return(legend)}

mylegend<-g_legend(p1)

p3 <- grid.arrange(arrangeGrob(p1 + theme(legend.position="none"),
                         p2 + theme(legend.position="none"),
                         nrow=1),
             mylegend, nrow=2,heights=c(10, 1))

Voici le graphique résultant:

Vous pouvez également utiliser ggarrange du package ggpubr et définir "common.legend = TRUE":

library(ggpubr)

dsamp <- diamonds[sample(nrow(diamonds), 1000), ]
p1 <- qplot(carat, price, data = dsamp, colour = clarity)
p2 <- qplot(cut, price, data = dsamp, colour = clarity)
p3 <- qplot(color, price, data = dsamp, colour = clarity)
p4 <- qplot(depth, price, data = dsamp, colour = clarity) 

ggarrange(p1, p2, p3, p4, ncol=2, nrow=2, common.legend = TRUE, legend="bottom")

La réponse de Roland doit être mise à jour. Voir: https://github.com/hadley/ggplot2/wiki/Share-a-legend-between-two-ggplot2-graphs

Cette méthode a été mise à jour pour ggplot2 v1.0.0.

library(ggplot2)
library(gridExtra)
library(grid)


grid_arrange_shared_legend <- function(...) {
    plots <- list(...)
    g <- ggplotGrob(plots[[1]] + theme(legend.position="bottom"))$grobs
    legend <- g[[which(sapply(g, function(x) x$name) == "guide-box")]]
    lheight <- sum(legend$height)
    grid.arrange(
        do.call(arrangeGrob, lapply(plots, function(x)
            x + theme(legend.position="none"))),
        legend,
        ncol = 1,
        heights = unit.c(unit(1, "npc") - lheight, lheight))
}

dsamp <- diamonds[sample(nrow(diamonds), 1000), ]
p1 <- qplot(carat, price, data=dsamp, colour=clarity)
p2 <- qplot(cut, price, data=dsamp, colour=clarity)
p3 <- qplot(color, price, data=dsamp, colour=clarity)
p4 <- qplot(depth, price, data=dsamp, colour=clarity)
grid_arrange_shared_legend(p1, p2, p3, p4)

Notez le manque de ggplot_gtableet ggplot_build. ggplotGrobest utilisé à la place. Cet exemple est un peu plus compliqué que la solution ci-dessus, mais il l'a toujours résolu pour moi.

Une nouvelle solution attrayante consiste à utiliser patchwork. La syntaxe est très simple:

library(ggplot2)
library(patchwork)

p1 <- ggplot(df1, aes(x = x, y = y, colour = group)) + 
  geom_point(position = position_jitter(w = 0.04, h = 0.02), size = 1.8)
p2 <- ggplot(df2, aes(x = x, y = y, colour = group)) + 
  geom_point(position = position_jitter(w = 0.04, h = 0.02), size = 1.8)

combined <- p1 + p2 & theme(legend.position = "bottom")
combined + plot_layout(guides = "collect")

^{Créé le 13/12/2019 par le package reprex (v0.2.1)}

Je suggère d'utiliser cowplot. De leur vignette R :

# load cowplot
library(cowplot)

# down-sampled diamonds data set
dsamp <- diamonds[sample(nrow(diamonds), 1000), ]

# Make three plots.
# We set left and right margins to 0 to remove unnecessary spacing in the
# final plot arrangement.
p1 <- qplot(carat, price, data=dsamp, colour=clarity) +
   theme(plot.margin = unit(c(6,0,6,0), "pt"))
p2 <- qplot(depth, price, data=dsamp, colour=clarity) +
   theme(plot.margin = unit(c(6,0,6,0), "pt")) + ylab("")
p3 <- qplot(color, price, data=dsamp, colour=clarity) +
   theme(plot.margin = unit(c(6,0,6,0), "pt")) + ylab("")

# arrange the three plots in a single row
prow <- plot_grid( p1 + theme(legend.position="none"),
           p2 + theme(legend.position="none"),
           p3 + theme(legend.position="none"),
           align = 'vh',
           labels = c("A", "B", "C"),
           hjust = -1,
           nrow = 1
           )

# extract the legend from one of the plots
# (clearly the whole thing only makes sense if all plots
# have the same legend, so we can arbitrarily pick one.)
legend_b <- get_legend(p1 + theme(legend.position="bottom"))

# add the legend underneath the row we made earlier. Give it 10% of the height
# of one plot (via rel_heights).
p <- plot_grid( prow, legend_b, ncol = 1, rel_heights = c(1, .2))
p

@Giuseppe, vous voudrez peut-être considérer ceci pour une spécification flexible de la disposition des parcelles (modifiée à partir d' ici ):

library(ggplot2)
library(gridExtra)
library(grid)

grid_arrange_shared_legend <- function(..., nrow = 1, ncol = length(list(...)), position = c("bottom", "right")) {

  plots <- list(...)
  position <- match.arg(position)
  g <- ggplotGrob(plots[[1]] + theme(legend.position = position))$grobs
  legend <- g[[which(sapply(g, function(x) x$name) == "guide-box")]]
  lheight <- sum(legend$height)
  lwidth <- sum(legend$width)
  gl <- lapply(plots, function(x) x + theme(legend.position = "none"))
  gl <- c(gl, nrow = nrow, ncol = ncol)

  combined <- switch(position,
                     "bottom" = arrangeGrob(do.call(arrangeGrob, gl),
                                            legend,
                                            ncol = 1,
                                            heights = unit.c(unit(1, "npc") - lheight, lheight)),
                     "right" = arrangeGrob(do.call(arrangeGrob, gl),
                                           legend,
                                           ncol = 2,
                                           widths = unit.c(unit(1, "npc") - lwidth, lwidth)))
  grid.newpage()
  grid.draw(combined)

}

Arguments supplémentaires nrowet ncolcontrôlez la disposition des tracés arrangés:

dsamp <- diamonds[sample(nrow(diamonds), 1000), ]
p1 <- qplot(carat, price, data = dsamp, colour = clarity)
p2 <- qplot(cut, price, data = dsamp, colour = clarity)
p3 <- qplot(color, price, data = dsamp, colour = clarity)
p4 <- qplot(depth, price, data = dsamp, colour = clarity)
grid_arrange_shared_legend(p1, p2, p3, p4, nrow = 1, ncol = 4)
grid_arrange_shared_legend(p1, p2, p3, p4, nrow = 2, ncol = 2)

Si vous tracez les mêmes variables dans les deux tracés, le moyen le plus simple serait de combiner les blocs de données en un seul, puis d'utiliser facet_wrap.

Pour votre exemple:

big_df <- rbind(df1,df2)

big_df <- data.frame(big_df,Df = rep(c("df1","df2"),
times=c(nrow(df1),nrow(df2))))

ggplot(big_df,aes(x=x, y=y,colour=group)) 
+ geom_point(position=position_jitter(w=0.04,h=0.02),size=1.8) 
+ facet_wrap(~Df)

Un autre exemple utilisant l'ensemble de données des diamants. Cela montre que vous pouvez même le faire fonctionner si vous n'avez qu'une seule variable commune entre vos parcelles.

diamonds_reshaped <- data.frame(price = diamonds$price,
independent.variable = c(diamonds$carat,diamonds$cut,diamonds$color,diamonds$depth),
Clarity = rep(diamonds$clarity,times=4),
Variable.name = rep(c("Carat","Cut","Color","Depth"),each=nrow(diamonds)))

ggplot(diamonds_reshaped,aes(independent.variable,price,colour=Clarity)) + 
geom_point(size=2) + facet_wrap(~Variable.name,scales="free_x") + 
xlab("")

La seule chose délicate avec le deuxième exemple est que les variables de facteur sont forcées à être numériques lorsque vous combinez tout dans une seule trame de données. Donc, idéalement, vous le ferez principalement lorsque toutes vos variables d'intérêt sont du même type.

@Guiseppe:

Je n'ai aucune idée de Grobs, etc., mais j'ai piraté ensemble une solution pour deux parcelles, devrait être possible d'étendre à un nombre arbitraire mais ce n'est pas dans une fonction sexy:

plots <- list(p1, p2)
g <- ggplotGrob(plots[[1]] + theme(legend.position="bottom"))$grobs
legend <- g[[which(sapply(g, function(x) x$name) == "guide-box")]]
lheight <- sum(legend$height)
tmp <- arrangeGrob(p1 + theme(legend.position = "none"), p2 + theme(legend.position = "none"), layout_matrix = matrix(c(1, 2), nrow = 1))
grid.arrange(tmp, legend, ncol = 1, heights = unit.c(unit(1, "npc") - lheight, lheight))

Si la légende est la même pour les deux tracés, il existe une solution simple utilisant grid.arrange(en supposant que vous voulez que votre légende s'aligne avec les deux tracés verticalement ou horizontalement). Conservez simplement la légende du tracé le plus bas ou le plus à droite tout en omettant la légende de l'autre. L'ajout d'une légende à un seul tracé, cependant, modifie la taille d'un tracé par rapport à l'autre. Pour éviter cela, utilisez la heightscommande pour ajuster manuellement et conserver la même taille. Vous pouvez même utiliser grid.arrangepour créer des titres d'axes communs. Notez que cela nécessitera library(grid)en plus de library(gridExtra). Pour les tracés verticaux:

y_title <- expression(paste(italic("E. coli"), " (CFU/100mL)"))

grid.arrange(arrangeGrob(p1, theme(legend.position="none"), ncol=1), arrangeGrob(p2, theme(legend.position="bottom"), ncol=1), heights=c(1,1.2), left=textGrob(y_title, rot=90, gp=gpar(fontsize=20)))

Voici le résultat d'un graphique similaire pour un projet sur lequel je travaillais: