Comment savoir quelle version de package est chargée dans R?

Je suis en train de comprendre comment utiliser mon cluster universitaire. Il a 2 versions de R installées. R 2.11 (Debian 6.0) et R 2.14.2 à l'échelle du système dans un emplacement non standard.

J'essaie d'utiliser MPI avec de la neige. Le code que j'essaie d'exécuter est le suivant

library(snow)
library(Rmpi)
cl <- makeMPIcluster(mpi.universe.size()-1)
stopCluster(cl)
mpi.quit()

Cela fonctionne sans les problèmes sur R 2.11. (Je lance le script avec mpirun -H localhost,n1,n2,n3,n4 -n 1 R --slave -f code.R). Maintenant, quand j'essaie de le faire avec R 2.14.2, je reçois le message suivant:

Error: This is R 2.11.1, package 'snow' needs >= 2.12.1
In addition: Warning message:

Il semble donc que R charge la version snow du package compilée pour R 2.11. J'ai installé snow sous R 2.14 dans mon dossier personnel et j'ai ajouté les lignes suivantes à mon code:

.libPaths("/soft/R/lib/R/library")
.libPaths("~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.11")
print(.libPaths())
print(sessionInfo())
print(version)

Et la sortie avant l'erreur confirme que j'exécute bien R 2.14.2 et mon dossier de packages R est d'abord dans le chemin de recherche. Mais je reçois toujours l'erreur.

Ma question est donc de savoir comment déterminer la version du package chargée dans R? Je peux voir avec installed.packagestous les packages installés, alors peut-être qu'il y a une fonction qui répertorie des informations similaires pour les packages chargés?

Vous pouvez utiliser sessionInfo()pour accomplir cela.

> sessionInfo()
R version 2.15.0 (2012-03-30)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C               LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8    LC_PAPER=C                 LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C             LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] graphics  grDevices utils     datasets  stats     grid      methods   base     

other attached packages:
[1] ggplot2_0.9.0  reshape2_1.2.1 plyr_1.7.1    

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] colorspace_1.1-1   dichromat_1.2-4    digest_0.5.2       MASS_7.3-18        memoise_0.1        munsell_0.3       
 [7] proto_0.3-9.2      RColorBrewer_1.0-5 scales_0.2.0       stringr_0.6       
> 

Cependant, selon les commentaires et la réponse ci-dessous, il existe de meilleures options

> packageVersion("snow")

[1] «0,3,9»

Ou:

"Rmpi" %in% loadedNamespaces()

Vous pouvez utiliser packageVersionpour voir quelle version d'un package est chargée

> packageVersion("snow")
[1] ‘0.3.9’

Bien qu'il semble que vous souhaitiez voir la version de R que vous utilisez, auquel cas la sessionInfosuggestion de @ Justin est la voie à suivre

Pour vérifier la version de R, exécutez: R --version

Ou une fois que vous êtes dans le shell R, imprimez le contenu de version$version.string

ÉDITER

Pour vérifier la version des packages installés, procédez comme suit.

Après avoir chargé la bibliothèque, vous pouvez exécuter sessionInfo ()

Mais pour connaître la liste de tous les packages installés:

packinfo <- installed.packages(fields = c("Package", "Version"))
packinfo[,c("Package", "Version")]

OU pour extraire une version de bibliothèque spécifique, une fois que vous avez extrait les informations à l'aide de la installed.packagefonction ci-dessus, utilisez simplement le nom du package dans la première dimension de la matrice.

packinfo["RANN",c("Package", "Version")]
packinfo["graphics",c("Package", "Version")]

Ce qui précède imprimera les versions de la bibliothèque RANN et de la bibliothèque graphique.

Techniquement parlant, toutes les réponses en ce moment sont fausses. packageVersionne renvoie pas la version du package chargé. Il va sur le disque et récupère la version du package à partir de là.

Cela ne fera pas de différence dans la plupart des cas, mais parfois c'est le cas. Pour autant que je sache, le seul moyen d'obtenir la version d'un paquet chargé est le plutôt hackish:

asNamespace(pkg)$`.__NAMESPACE__.`$spec[["version"]]

où pkgest le nom du package.

EDIT: Je ne sais pas quand cette fonction a été ajoutée, mais vous pouvez également l'utiliser getNamespaceVersion, c'est plus propre:

getNamespaceVersion(pkg)

Vous pouvez essayer quelque chose comme ceci:

1. package_version(R.version)

2. getRversion()

Solution GUI:

Si vous utilisez RStudio, vous pouvez vérifier la version du package dans le Packagesvolet.

Utilisez la méthode R packageDescriptionpour obtenir la description du package installé et pour la version, utilisez simplement $Version:

packageDescription("AppliedPredictiveModeling")$Version
[1] "1.1-6"

Sur la base des réponses précédentes, voici une manière alternative simple d'imprimer la version R, suivie du nom et de la version de chaque paquet chargé dans l'espace de noms. Cela fonctionne dans le cahier Jupyter, où j'ai eu des problèmes de fonctionnement sessionInfo()et R --version.

print(paste("R", getRversion()))
print("-------------")
for (package_name in sort(loadedNamespaces())) {
    print(paste(package_name, packageVersion(package_name)))
}

En dehors:

[1] "R 3.2.2"
[1] "-------------"
[1] "AnnotationDbi 1.32.2"
[1] "Biobase 2.30.0"
[1] "BiocGenerics 0.16.1"
[1] "BiocParallel 1.4.3"
[1] "DBI 0.3.1"
[1] "DESeq2 1.10.0"
[1] "Formula 1.2.1"
[1] "GenomeInfoDb 1.6.1"
[1] "GenomicRanges 1.22.3"
[1] "Hmisc 3.17.0"
[1] "IRanges 2.4.6"
[1] "IRdisplay 0.3"
[1] "IRkernel 0.5"

Ancienne question, mais pas parmi les réponses est ma commande préférée pour obtenir un aperçu rapide et bref de tous les packages chargés:

(.packages())

Pour voir quelle version est installée de tous les packages chargés, utilisez simplement la commande ci-dessus pour sous-ensemble installed.packages().

installed.packages()[(.packages()),3]

En modifiant le numéro de colonne (3 pour la version du package), vous pouvez obtenir toute autre information stockée installed.packages()dans une matrice facile à lire. Voici un exemple de numéro de version et de dépendance:

installed.packages()[(.packages()),c(3,5)]

Utilisez le code suivant pour obtenir la version des packages R installés sur le système:

installed.packages(fields = c ("Package", "Version"))

Utilisez simplement help(package="my_package")et regardez la version indiquée.

Cela suppose qu'il n'y a pas d'autres versions de package dans le même .libPaths.

Search () peut donner une liste plus simplifiée des packages joints dans une session (c'est-à-dire sans les informations détaillées fournies par sessionInfo ())

search {base} - R Documentation
Description: Donne une liste des packages joints. Chercher()

search()
#[1] ".GlobalEnv"        "package:Rfacebook" "package:httpuv"   
#"package:rjson"    
#[5] "package:httr"      "package:bindrcpp"  "package:forcats"   # 
#"package:stringr"  
#[9] "package:dplyr"     "package:purrr"     "package:readr"     
#"package:tidyr"    
#[13] "package:tibble"    "package:ggplot2"   "package:tidyverse" 
#"tools:rstudio"    
#[17] "package:stats"     "package:graphics"  "package:grDevices" 
#"package:utils"    
#[21] "package:datasets"  "package:methods"   "Autoloads"         
#"package:base"