Comment convertir R Markdown en PDF?

J'ai déjà posé des questions sur les commandes de conversion de R Markdown en HTML .

Quel est le bon moyen de convertir des fichiers R Markdown en documents PDF?

Une bonne solution préserverait autant que possible le contenu (par exemple, des images, des équations, des tableaux html, etc.). La solution doit pouvoir être exécutée à partir de la ligne de commande. Une bonne solution serait également multiplateforme et, idéalement, minimiser les dépendances pour faciliter le partage de fichiers makefiles, etc.

Plus précisément, il existe de nombreuses options:

• S'il faut convertir RMD en MD en HTML en PDF; ou RMD vers MD vers PDF; ou RMD en PDF
• Si vous utilisez le markdownpackage dans R, quelles options spécifier
• Que ce soit pour utiliser pandoc, un package intégré à R, ou autre chose

Voici un exemple de fichier rmd qui fournit vraisemblablement un test raisonnable de toute solution proposée. Il a servi de base à ce billet de blog .

Réponse mise à jour (10 février 2013)

Package rmarkdown : Il existe maintenant un rmarkdownpackage disponible sur github qui s'interface avec Pandoc. Il comprend une renderfonction. La documentation explique assez clairement comment convertir rmarkdown en pdf parmi une gamme d'autres formats. Cela inclut l'inclusion des formats de sortie dans le fichier rmarkdown ou l'exécution de la fourniture d'un format de sortie à la fonction de rendu. Par exemple,

render("input.Rmd", "pdf_document")

Ligne de commande: lorsque je lance à renderpartir de la ligne de commande (par exemple, en utilisant un fichier makefile), j'ai parfois des problèmes avec pandoc introuvable. Vraisemblablement, ce n'est pas sur le chemin de recherche. La réponse suivante explique comment ajouter pandoc à l'environnement de R .

Ainsi, par exemple, sur mon ordinateur exécutant OSX, où j'ai une copie de pandoc via RStudio, je peux utiliser ce qui suit:

Rscript -e "Sys.setenv(RSTUDIO_PANDOC='/Applications/RStudio.app/Contents/MacOS/pandoc');library(rmarkdown);  library(utils); render('input.Rmd', 'pdf_document')"

Ancienne réponse (vers 2012)

Ainsi, un certain nombre de personnes ont suggéré que Pandoc est la voie à suivre. Voir les notes ci-dessous sur l'importance d'avoir une version à jour de Pandoc.

Utilisation de Pandoc

J'ai utilisé la commande suivante pour convertir R Markdown en HTML (c'est-à-dire une variante de ce makefile ), où RMDFILEest le nom du fichier R Markdown sans le .rmdcomposant (cela suppose également que l'extension est .rmdet non .Rmd).

RMDFILE=example-r-markdown  
Rscript -e "require(knitr); require(markdown); knit('$RMDFILE.rmd', '$RMDFILE.md'); markdownToHTML('$RMDFILE.md', '$RMDFILE.html', options=c('use_xhml'))"

puis cette commande pour convertir en pdf

Pandoc -s example-r-markdown.html -o example-r-markdown.pdf

• J'ai supprimé la référence dans le fichier d'exemple qui exporte les tracés à imgur pour héberger des images.
• J'ai supprimé une référence à une image hébergée sur imgur. Les chiffres semblent devoir être locaux.
• Les options de la markdownToHTMLfonction signifiaient que les références d'image sont vers des fichiers et non vers des données stockées dans le fichier HTML (c'est-à-dire que j'ai supprimé 'base64_images'de la liste d'options).
• La sortie résultante ressemblait à ceci . Il a clairement fait un document de style très LaTeX contrairement à ce que j'obtiens si j'imprime le fichier HTML en pdf à partir d'un navigateur.

Obtenir la version à jour de Pandoc

Comme mentionné par @daroczig, il est important d'avoir une version à jour de Pandoc afin de produire des fichiers PDF. Sur Ubuntu à partir du 15 juin 2012, j'étais bloqué avec la version 1.8.1 de Pandoc dans le gestionnaire de paquets, mais il semble d'après le journal des modifications que pour le support PDF, vous avez besoin d'au moins la version 1.9+ de Pandoc.

Ainsi, j'ai installé caball-install. Et puis a couru:

cabal update
cabal install pandoc

Pandoc a été installé dans ~/.cabal/bin/pandoc Ainsi, quand j'ai couru, pandocil voyait toujours l'ancienne version. Voir ici pour ajouter au chemin .

Je pense que vous avez vraiment besoin de pandoc , quel excellent logiciel a été conçu et construit uniquement pour cette tâche :) Outre le pdf , vous pouvez convertir votre fichier md en docx ou odt, entre autres.

Eh bien, installer une version à jour de Pandoc peut être un défi sous Linux (car vous auriez besoin de tout le haskell-platform˙pour construire à partir des sources), mais vraiment facile sur Windows / Mac avec seulement quelques mégaoctets de téléchargement.

Si vous avez le fichier de démarque brassé / tricoté, vous pouvez simplement appeler pandocpar exemple bash ou avec la systemfonction dans R. Une démo POC de ce dernier est implémentée dans la Ṗandoc.convertfonction de mon petit paquet ( dont vous devez être terriblement ennuyé comme j'essaye de attirer votre attention là-bas à chaque occasion ).

En ce moment (août 2014) Vous pouvez utiliser RStudio pour convertir R Markdown en PDF. Fondamentalement, RStudio utilise pandoc pour convertir Rmd en PDF.

Vous pouvez modifier les métadonnées en:

1. Ajouter une table des matières
2. Modifier les options de la figure
3. Modifier le style de mise en évidence de la syntaxe
4. Ajouter des options LaTeX
5. Et beaucoup plus...

Pour plus de détails - http://rmarkdown.rstudio.com/pdf_document_format.html

Pour une option qui ressemble plus à ce que vous obtenez lorsque vous imprimez à partir d'un navigateur, wkhtmltopdffournit une option.

Sur Ubuntu

sudo apt-get install wkhtmltopdf

Et puis la même commande que pour l'exemple pandoc pour accéder au HTML:

RMDFILE=example-r-markdown  
Rscript -e "require(knitr); require(markdown); knit('$RMDFILE.rmd', '$RMDFILE.md'); markdownToHTML('$RMDFILE.md', '$RMDFILE.html', options=c('use_xhml'))"

puis

wkhtmltopdf example-r-markdown.html example-r-markdown.pdf

Le fichier résultant ressemblait à ceci . Il ne semblait pas gérer le MathJax ( ce problème est discuté ici ), et les sauts de page sont laids. Cependant, dans certains cas, un tel style peut être préféré à une présentation de style LaTeX.

Seulement deux étapes:

1. Installez la dernière version "pandoc" à partir d'ici:

   https://github.com/jgm/pandoc/releases

2. Appelez la fonction pandocdans lelibrary(knitr)

   library(knitr)
   pandoc('input.md', format = 'latex')
   

Ainsi, vous pouvez convertir votre "input.md" en "input.pdf".

J'ai trouvé le moyen le plus simple d'utiliser R studio, mais si vous souhaitez contrôler à partir de la ligne de commande, un simple script R peut faire l'affaire en utilisant la commande rmarkdown render (comme mentionné ci-dessus). Détails complets du script ici

#!/usr/bin/env R

# Render R markdown to PDF.
# Invoke with:
# > R -q -f make.R --args my_report.Rmd

# load packages
require(rmarkdown)

# require a parameter naming file to render
if (length(args) == 0) {
    stop("Error: missing file operand", call. = TRUE)
} else {
    # read report to render from command line
    for (rmd in commandArgs(trailingOnly = TRUE)) {
        # render Rmd to PDF
        if ( grepl("\\.Rmd$", rmd) && file.exists(rmd)) {
            render(rmd, pdf_document())
        } else {
            print(paste("Ignoring: ", rmd))
        }
    }
}

Si vous ne voulez rien installer, vous pouvez générer du HTML. Ensuite, ouvrez le fichier html - il devrait s'ouvrir dans une fenêtre de navigateur, puis cliquez avec le bouton droit pour imprimer. Dans la fenêtre d'impression, sélectionnez "enregistrer au format pdf" dans le coin inférieur droit si vous êtes sur un Mac. Voila!

Suivez ces étapes simples:

1: Dans le script Rmarkdown, exécutez Knit (Ctrl + Shift + K) 2: Ensuite, après l'ouverture du markdown html, cliquez sur Ouvrir dans le navigateur (en haut à gauche) et le html est ouvert dans votre navigateur Web 3: utilisez ensuite Ctrl + P et enregistrer au format PDF.