Comment créer une matrice de corrélation dans R?

J'ai 92 ensembles de données du même type.

Je veux rendre possible une matrice de corrélation pour n'importe quelle combinaison de deux.

c'est à dire je veux une matrice de 92 x92.

tel que l'élément (ci, cj) devrait être une corrélation entre ci et cj.

Comment je fais ça?

Un exemple,

 d <- data.frame(x1=rnorm(10),
                 x2=rnorm(10),
                 x3=rnorm(10))
cor(d) # get correlations (returns matrix)

Vous pouvez utiliser le package «corrplot».

d <- data.frame(x1=rnorm(10),
                 x2=rnorm(10),
                 x3=rnorm(10))
M <- cor(d) # get correlations

library('corrplot') #package corrplot
corrplot(M, method = "circle") #plot matrix

Plus d'informations ici: http://cran.r-project.org/web/packages/corrplot/vignettes/corrplot-intro.html

La fonction cor utilisera les colonnes de la matrice dans le calcul de la corrélation. Ainsi, le nombre de lignes doit être le même entre votre matrice x et votre matrice y . Ex.:

set.seed(1)
x <- matrix(rnorm(20), nrow=5, ncol=4)
y <- matrix(rnorm(15), nrow=5, ncol=3)
COR <- cor(x,y)
COR
image(x=seq(dim(x)[2]), y=seq(dim(y)[2]), z=COR, xlab="x column", ylab="y column")
text(expand.grid(x=seq(dim(x)[2]), y=seq(dim(y)[2])), labels=round(c(COR),2))

Éditer:

Voici un exemple d'étiquettes de ligne et de colonne personnalisées sur une matrice de corrélation calculée avec une seule matrice:

png("corplot.png", width=5, height=5, units="in", res=200)
op <- par(mar=c(6,6,1,1), ps=10)
COR <- cor(iris[,1:4])
image(x=seq(nrow(COR)), y=seq(ncol(COR)), z=cor(iris[,1:4]), axes=F, xlab="", ylab="")
text(expand.grid(x=seq(dim(COR)[1]), y=seq(dim(COR)[2])), labels=round(c(COR),2))
box()
axis(1, at=seq(nrow(COR)), labels = rownames(COR), las=2)
axis(2, at=seq(ncol(COR)), labels = colnames(COR), las=1)
par(op)
dev.off()

Jetez un œil à qtlcharts . Il vous permet de créer des matrices de corrélation interactives :

library(qtlcharts)
data(iris)
iris$Species <- NULL
iplotCorr(iris, reorder=TRUE)

C'est plus impressionnant lorsque vous corrélez plus de variables, comme dans la vignette du package:

Il existe d'autres moyens d'y parvenir ici: ( Tracez la matrice de corrélation dans un graphique ), mais j'aime bien votre version avec les corrélations dans les cases. Existe-t-il un moyen d'ajouter les noms de variables à la colonne x et y au lieu de simplement ces numéros d'index? Pour moi, cela en ferait une solution parfaite. Merci!

edit: J'essayais de commenter le message de [Marc dans la boîte], mais je ne sais clairement pas ce que je fais. Cependant, j'ai réussi à répondre à cette question pour moi-même.

si d est la matrice (ou le bloc de données d'origine) et que les noms de colonnes sont ce que vous voulez, alors les opérations suivantes:

axis(1, 1:dim(d)[2], colnames(d), las=2)
axis(2, 1:dim(d)[2], colnames(d), las=2)

las = 0 retournait les noms à leur position normale, les miens étaient longs, j'ai donc utilisé las = 2 pour les rendre perpendiculaires à l'axe.

edit2: pour supprimer la fonction image () en imprimant les nombres sur la grille (sinon ils chevauchent vos étiquettes de variables), ajoutez xaxt = 'n', par exemple:

image(x=seq(dim(x)[2]), y=seq(dim(y)[2]), z=COR, col=rev(heat.colors(20)), xlab="x column", ylab="y column", xaxt='n')