Quels logiciels sont utilisés par les revues scientifiques pour générer des graphiques?

Je sais grâce à des revues de haut niveau telles que Nature qu'ils remanient les chiffres qu'ils obtiennent des auteurs. Ces tracés semblent très professionnels, mais trop compliqués pour être réalisés avec Adobe Illustrator et al.

Quels outils les éditeurs utilisent-ils pour générer des chiffres de haute qualité?

Je ne peux pas parler pour la nature mais voici quelques workflows que je connais:

• Recréez le graphique à l'aide de l'outil graphique d'Illustrator . Un travail acharné et frustrant car Adobe n'a pas mis à jour l'outil graphique depuis l'âge du bronze, mais pas un mauvais investissement en temps si de nombreux graphiques très similaires sont nécessaires sur la base d'un style similaire. Il est capable de plus qu'il n'y paraît.
• Utilisez Illustrator pour styliser un graphique collé depuis Excel ou tout ce que les chercheurs ont utilisé - la plupart des packages statistiques peuvent exporter en tant que .epsou .svg- puis styliser les vecteurs et modifier le texte pour l'adapter au style de la maison. (sachez que la suppression des masques d'écrêtage fournis avec les graphiques Excel entraîne parfois un léger déplacement des lignes et des points de données).
• Tracez le graphique - plonquez-le comme une image et redessinez-le sur les lignes, puis stylisez dans Illustrator. Je n'ai jamais eu besoin de faire cela, mais j'ai entendu dire que c'était un mal nécessaire commun dans l'édition universitaire.
• Utilisez un outil de représentation graphique / mise en page comme LaTeX ou R avec le plugin ggplot2 . Je ne connais pas grand-chose à cette approche, mais elle est populaire auprès des personnes analytiques et non visuelles, est capable de résultats professionnels si vous êtes patient, et les résultats sont très cohérents car il met en place un modèle basé sur du code. Voici un article avec quelques exemples utilisant cette approche - Stylez vos graphiques R comme Economist, Tableau ... ou XKCD
• Codez un graphique basé sur le Web dans quelque chose comme D3, puis extrayez la sortie SVG à partir d'un navigateur Web, puis ouvrez-le dans Illustrator et terminez-le pour l'imprimer. Le New York Times le fait parfois, j'en ai discuté et comment obtenir des couleurs CMJN exactes dans cette autre question .
• Utilisez un outil graphique / de visualisation personnalisé . Une option populaire est Tableau qui peut produire des graphiques d'aspect très professionnel ainsi que des données assez sophistiquées. Cela coûte cher, sauf si toutes vos données sont librement accessibles au public, auquel cas vous pouvez utiliser Tableau Public, qui est gratuit. Beaucoup de publications scientifiques utilisent Tableau (je ne peux pas penser aux noms du haut de ma tête). WEAVE est une alternative open source mais loin d'être aussi jolie (je ne suis pas sûr de ce qu'elle produit non plus, mais si c'est SVG, Illustrator peut le modifier), un peu plus sur ce genre de chose ici .

Matlab et Mathematica sont des outils d'analyse couramment utilisés, qui produisent des tracés 2D et 3D.

Voici une discussion , montrant que ces outils sont bien le duopole .

Pas trop compliqué à faire dans Adobe Illustrator (même si cela peut être difficile --- je trouve que FreeHand est beaucoup plus rapide et efficace --- élégant).

On peut utiliser des outils comme Asymptote, Tikz, METAPOST, etc., ou ils peuvent être créés à l'aide de MatLab ou d'autres outils d'algèbre / graphiques informatiques.

Je faisais partie d'une équipe universitaire pour améliorer les parcelles d'autres chercheurs. Notre équipe a principalement utilisé Matlab et Illustrator. Jusqu'à un certain point, Matlab fait un travail meilleur ou efficace sur l'affichage des éléments de base dans un tracé, notamment en ajoutant des étiquettes d'axe, des graduations d'axe, des lignes de données et des points de données. Après une amélioration du tracé, Illustrator fonctionne mieux lorsqu'il s'agit de modifier les caractéristiques des éléments du tracé.

Je crois que l'équipe de Nature (le cas échéant) ferait les mêmes processus.

Utilisez Hanpuku

Je viens de découvrir Hanpuku, une solution de pointe pour travailler avec la visualisation de données. Je ne pense pas qu'il y ait quelque chose de mieux que ce logiciel incroyable!

Présentation de Hanpuku

Ancienne réponse

Je voudrais décrire un flux de travail utilisant cette option mentionnée par user568458:

• Codez un graphique basé sur le Web dans quelque chose comme D3, puis extrayez la sortie SVG à partir d'un navigateur Web, puis ouvrez-le dans Illustrator et terminez-le pour l'imprimer. Le New York Times le fait parfois, j'en ai discuté et comment obtenir des couleurs CMJN exactes dans cette autre question .

J'ai abandonné l'outil de l'âge du bronze d'Illustrator pour faire des graphiques de réponses aux sondages (principalement des graphiques à barres / à colonnes, des graphiques circulaires et des graphiques en courbes). Illustrator ne pouvait pas gérer les corrections, les petits ajustements ou les données mises à jour - toute modification a ruiné la mise en page. Je ne pouvais pas non plus spécifier les dimensions clés qui devaient rester constantes tout au long de l'ensemble des graphiques (hauteur de barre, taille de police, hauteur maximale).

Consultez JSGraphs.com , des tonnes de cadres graphiques JavaScript y sont comparés, et vous pouvez choisir celui qui convient le mieux à votre projet.

J'ai également utilisé python livereload pour vivre le code (actualisation automatique lors de la sauvegarde, en fait). Il fait avancer les choses plus rapidement! Accédez au dossier du projet dans l'invite de commande / terminal et tapez simplement livereload. Tous les fichiers de projet sont désormais diffusés et accessibles sur des URL telles que http://localhost:35729/chart-01.html.

Il faut un investissement initial de temps pour apprendre le cadre de cartographie, ses bizarreries et ses limites, mais une fois que vos premiers graphiques sont créés, vous pouvez les utiliser comme modèles, parfois simplement en branchant de nouvelles données, sans rien changer d'autre.

Mon framework accepterait les fichiers CSV en entrée, ce que j'ai obtenu en exportant à partir de fichiers .xlsx. Le branchement de nouvelles données a été effectué en changeant une ligne de codeurl: 'resources/graph-02.csv'

Les thèmes de couleur peuvent également être gérés de manière similaire avec un fichier JSON.

À partir de maintenant jusqu'à la livraison d'EPS CMJN, une grande partie du flux de travail peut être automatisée.

Selon le framework, exporter vers SVG peut être aussi simple que possible CtrlS. S'il est intégré dans le balisage HTML en tant qu'élément SVG, vous pouvez l'exporter par lots avec Playfair.

justinmanley / playfair: Générez des tableaux et des graphiques à partir de la ligne de commande en utilisant d3 et PhantomJS. .

Au départ, je viens d'utiliser des outils d'automatisation de l'interface utilisateur qui reproduiraient enter-URL-save-as-enter-next-URL-save-as monkey-work pour chaque fichier du dossier - AutoHotkey ou WASP pour PowerShell .

Pour convertir par lots des SVG en fichiers EPS CMJN, j'ai effectué une action dans Illustrator.