Vous avez vraiment besoin de faire un peu plus de recherche sur votre méthodologie et de lire la documentation pour comprendre la structure des objets de classe sp S4 et l'interaction des objets sp avec les fonctions gstat pertinentes. La vignette sp contient une explication détaillée de la différence entre les objets SpatialPolygons (uniquement la topologie de polygone) et SpatialPolygonDataFrame (polygones avec attributs).
Ce que vous expliquez n'est pas bloquer le krigeage et utiliser le temps comme attribut ne donne pas lieu à une estimation spatio-temporelle. La méthodologie conceptuelle que vous décrivez est tout à fait invalide. L'utilisation de polygones ou de centroïdes de polygones viole les hypothèses de krigeage d'un champ aléatoire uniforme, de l'anisotropie et de la non-stationnarité.
Voici une belle vignette gstat sur les modèles spatio-temporels utilisant l'interface avec le paquet d'espace-temps. Je dois également noter que le package constrainedKriging peut conduire le Kriging de blocs sur des blocs de forme arbitraire en utilisant une fonction moyenne non stationnaire et un variogramme isotrope faiblement stationnaire.
Cela dit, pour répondre à votre question, vous pouvez passer un objet sp SpatialPointsDataFrame directement à un modèle de variogramme / Krigeage dans gstat. Dans ce type d'objet sp, les attributs résident dans le slot "data" et sont déjà attachés aux coordonnées via la structure interne de la classe S4.
# COERCE meuse DATAFRAME TO sp SpatialPointsDataFrame OBJECT
require(gstat)
data(meuse)
coordinates(meuse) <- ~ x + y
head(meuse@data)
# CREATE SEMIVARIOGRAM USING THE zinc ATTRIBUTE
# NOTE: THERE IS NO ARGUMENT FOR A "4th DIM"
v <- variogram(log(zinc) ~ 1, meuse)
plot(v, type = "l")