Comment compter le nombre de caractères dans une ligne, sauf un caractère spécifique?

Ceci est un fichier partiel

N W N N N N N N N N N
N C N N N N N N N N N
N A N N N N N N N N N
N N N N N N N N N N N
N G N N N N N N N N N
N C N N N C N N N N N
N C C N N N N N N N N

Dans chaque ligne, je veux compter le nombre total de tous les caractères qui ne sont pas "N"

ma sortie désirée

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Solution GNU awk :

awk -v FPAT='[^N[:space:]]' '{ print NF }' file

• FPAT='[^N[:space:]]'- le motif définissant une valeur de champ (n'importe quel caractère sauf Nchar et blanc)

La sortie attendue:

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awk '{ gsub("[ N]",""); print length() }'

en supposant que le comptage est nécessaire pour chaque ligne autre que le caractère espace et N

$ perl -lne 'print tr/N //c' ip.txt 
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• la valeur de retour de trest le nombre de caractères remplacés
• c pour compléter l'ensemble de caractères donné
• Notez l'utilisation de l' -loption, supprime le caractère de nouvelle ligne de la ligne d'entrée pour éviter les erreurs hors ligne et ajoute également un caractère de nouvelle ligne pour l'instruction d'impression

Une solution plus générique

perl -lane 'print scalar grep {$_ ne "N"} @F' ip.txt 

• -aoption pour diviser automatiquement la ligne d'entrée sur les espaces blancs, enregistrée dans le @Ftableau
• grep {$_ ne "N"} @Frenvoie un tableau de tous les éléments dans @Flesquels ne correspond pas à la chaîneN
  • équivalent regex serait grep {!/^N$/} @F
• l'utilisation de scalardonnera le nombre d'éléments du tableau

Solution alternative awk :

awk '{ print gsub(/[^N[:space:]]/,"") }' file

• gsub(...)- La gsub()fonction renvoie le nombre de substitutions effectuées.

Le résultat:

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Une autre awkapproche (retournera -1 pour les lignes vides).

awk -F'[^N ]' '$0=NF-1""' infile

Ou en complexe, il renverra -1 sur les lignes vides, 0 sur les espaces blancs (tabulations / espaces) uniquement.

awk -F'[^N \t]+' '$0=NF-1""' infile

1. tret script shell POSIX :

   tr -d 'N ' < file | while read x ; do echo ${#x} ; done
   

2. bash,, kshet zsh:

   while read x ; do x="${x//[ N]}" ; echo ${#x} ; done < file
   

Une courte combinaison de tret awk:

$ tr -d ' N' <file.in | awk '{ print length }'
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Cela supprime tous les espaces et N du fichier d'entrée et awkimprime simplement la longueur de chaque ligne.

Un autre moyen simple est de le faire en python, qui est pré-installé dans la plupart des environnements Unix. Déposez le code suivant dans un fichier .py:

with open('geno') as f:
    for line in f:
        count = 0
        for word in line.split():
            if word != 'N':
                count += 1
        print(count)

Et puis:

python file.py

Depuis votre terminal. Ce qui précède est:

• pour chaque ligne d'un fichier nommé "geno"
• mettre un compteur à 0 et l'incrémenter chaque fois que nous trouvons une valeur! = 'N'
• lorsque la fin de la ligne actuelle est atteinte, imprimez le compteur et passez à la ligne suivante