Extraction de fichiers .gz contenus dans un dossier

J'ai un dossier contenant environ 320116 fichiers .pdb.gz. Je veux tous les décompresser. Si j'utilise gunzip * .gz, cela me donne une erreur, c'est-à-dire une liste d'arguments trop longue. Le dossier fait environ 2 Go. Veuillez me donner une suggestion appropriée.

find . -name '*.pdb.gz' -exec gunzip {} +

-exec gunzip {} +fournira gunzipde nombreux mais pas trop de noms de fichiers sur sa ligne de commande. C'est plus efficace que celui -exec gunzip {} \;qui démarre un nouveau gunzipprocessus pour chaque fichier.

Chaque fois que vous obtenez des erreurs «liste d'arguments trop longue», vous pouvez contourner ce problème en appelant la commande souhaitée plusieurs fois, à chaque fois avec un sous-ensemble des arguments que vous souhaitez utiliser. xargsest un outil qui vous aide à le faire automatiquement.

find . -type f -a -name \*.pdb.gz -print0 | xargs -0 gunzip

Je pense que cela devrait fonctionner, il transmet le chemin / nom de chaque fichier individuellement à gunzip pour le traitement:

find /my/dir -name "*.pdb.gz" -execdir gunzip "{}" \;

Essayez de cette façon:

find . -name '*.gz' -exec gunzip {} \;

Si vous avez une machine multicœur, vous verrez probablement que l'utilisation gunzipne va pas maximiser les capacités de votre machine. Pour cela, vous devez exécuter plusieurs gunzips en parallèle. Garder une trace de ce qui est fait dans quel terminal à la main est lourd, mais vous pouvez facilement le faire avec GNU parallel:

find . -name "*.gz" | parallel -X gunzip {}

Il n'est pas nécessaire de l'utiliser findpour cela, car vous n'avez pas mentionné de sous-dossiers. Ce que vous devez faire, c'est:

for f in *.gz;do gunzip $f;done