Comment grep les mêmes chaînes en comparant deux fichiers

9

J'ai deux fichiers fichier A et fichier B

Le fichier A contient toutes les informations tandis que le fichier B contient des identifiants d'informations uniques. Ce que je veux faire est de comparer les deux fichiers et de récupérer les informations d'identification du fichier A

déposer un:

acb:A1S_1863    ncbi-proteinid:ABO12290
acb:A1S_1864    ncbi-proteinid:ABO12291
acb:A1S_1865    ncbi-proteinid:ABO12292
acb:A1S_0105    ncbi-proteinid:ABO10592
acb:A1S_0106    ncbi-proteinid:ABO10593

fichier B:

A1S_1865
A1S_1774
A1S_1116
A1S_0106
A1S_2677

Sortie désirée:

acb:A1S_1865    ncbi-proteinid:ABO12292
acb:A1S_0106    ncbi-proteinid:ABO10593
Rhea
la source

Réponses:

15

Avec grep:

grep -Ff fileB fileA

-f <filename>indique grepde lire les modèles à partir d'un fichier et lui -Ffait traiter les modèles comme des chaînes fixes au lieu d'expressions régulières. (Cela suppose que les ID n'apparaissent pas dans l'autre colonne.)

muru
la source