Dans Ubuntu 14.04, la barre de titre de mon application passe sous la barre de titre principale d'Unity.
Dans l'image ci-dessous, la fenêtre sélectionnée est celle du gestionnaire de téléchargement, mais sa barre de titre est masquée sous la barre de titre supérieure de l'unité.
Je trouve que ce problème se produit avec les applications Web et les applications autonomes.
Idéalement, cela devrait ressembler à ceci: