Comme déjà mentionné, c'est un bug avec l'empathie (ou au moins avec certains des protocoles de connexion utilisés en empathie).
Il existe une solution de contournement pour le protocole MSN:
Empathy est capable d'utiliser les mêmes protocoles de connexion que pidgin utilise (libpurple) via telepathy-haze, qui est installé par défaut.
Pour que MSN fonctionne, désinstallez telepathy-butterfly:
sudo apt-get remove telepathy-butterfly
Redémarrez ensuite Empathy, qui se repliera désormais pour utiliser la télépathie-brume pour les connexions MSN. Vous devriez maintenant pouvoir définir "utiliser la méthode http" sous "Edition -> Comptes" après avoir ajouté un nouveau compte pour MSN.
Il peut y avoir des solutions de contournement similaires pour d'autres protocoles. Pour moi, tout le reste fonctionne hors de la boîte (au moins derrière le proxy au travail).