Pour la référence, j'ai trouvé que mimeopen aide à définir via la ligne de commande.
Pour définir le type de fichier à ouvrir avec un programme particulier, utilisez mimeopen comme suit.
mimeopen .<file-extension>
Sur demande, choisissez le programme s'il est présent dans le menu. Comme mplayer n'était pas disponible, j'ai choisi # 2.
Please choose a default application for files of type video/x-matroska
1) Movie Player (totem)
2) Other...
use application #2
use command: mplayer
Opening ".avi" with mplayer (video/x-matroska)
MPlayer svn r34540 (Ubuntu), built with gcc-4.6 (C) 2000-2012 MPlayer Team
mplayer: could not connect to socket
mplayer: No such file or directory
Failed to open LIRC support. You will not be able to use your remote control.
Playing .avi.
File not found: '.avi'
Failed to open .avi.
Exiting... (End of file)
Maintenant, si j'ouvre des fichiers .avi via l'interface graphique, il s'ouvre, par défaut, avec mplayer.