Impossible d'installer les packages R dans Ubuntu 18.04

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Problème

Impossible d'installer quelques packages R (langage de programmation statistique) depuis la mise à jour de 16.04 vers Ubuntu 18.04 . Le problème est lié à l'utilisation de la bibliothèque partagée libcurl. Plus précisément:

/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcurl.so.4: version `CURL_OPENSSL_3' not    
found (required by /home/avila/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/curl
/libs/curl.so)

sofar, j'ai essayé ...

  • ... pour installer une version précédente de libcurl avec sudo apt-get install libcurl3, mais d'autres bibliothèques ont été désinstallées sur la procédure et R n'était pas utilisable.

sortie d'erreur

Lorsque vous essayez d'installer un package appelé "prévisions", par exemple:

install.packages("forecast")
 installing to /home/avila/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/forecast/libs
** R
** data
*** moving datasets to lazyload DB
** inst
** byte-compile and prepare package for lazy loading
Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) :  unable to load shared
object '/home/avila/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/curl/libs/curl.so':
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcurl.so.4: version `CURL_OPENSSL_3' not    
found (required by /home/avila/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/curl
/libs/curl.so)

ERROR: lazy loading failed for package ‘forecast’
* removing ‘/home/avila/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/forecast’
Warning in install.packages :
installation of package ‘forecast’ had non-zero exit status

autre info:

  • R version 3.4.4 (2018-03-15)
  • Plate-forme: x86_64-pc-linux-gnu (64 bits)
package-management 18.04 shared-library curl r Marcelo Avila
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Réponses:

5

Il semble que pour obtenir des résultats prédictifs, vous pouvez commencer par renommer votre bibliothèque personnelle R existante avec:

mv /home/$USER/R /home/$USER/R_old

Installez également le package de développement de curl:

sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev

Et puis essayez d'installer votre R-package à partir de R-terminal:

$ R
install.packages("forecast")
N0rbert
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Merci de votre aide. ça a marché. Veuillez consulter la question modifiée. Dois-je réinstaller lentement les packages nécessaires ou existe-t-il un moyen de savoir quel package a provoqué des conflits? :)
Marcelo Avila
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Le problème était lié à libcurl à partir de la version précédente d'Ubuntu. Je ne connais pas la liste complète de vos colis. Pensez donc à les réinstaller tous. Si ma réponse a aidé, vous pouvez l'accepter.
N0rbert
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Je résout mon problème après l'exécution: install.packages("RCurl")

Fábio
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C'est la seule chose qui a fonctionné pour moi - j'ai également essayé de réinstaller le curlpackage et j'ai même réinstallé R.
Reilstein