Les packages d'installation R 3.5.0 pour Ubuntu Xenial (16.04) n'existent pas encore sur les sites miroirs ubuntu. Existe-t-il une autre méthode pour mettre à jour R vers 3.5.0 sur ubuntu xenial? Sinon, existe-t-il une méthode différente pour mettre à jour R vers 3.5.0?

Les R 3.5 ne sont actuellement disponibles que depuis un PPA, car certains paquets de CRAN ont des problèmes de compilation avec R 3.5.

Procédez à vos risques et périls.

La procédure qui a fonctionné pour moi est la suivante:

1. Supprimez tous les r-cran-*packages de votre système (YMMV, j'installe généralement des packages à partir du code source et je n'en ai que très peu)

   • Rechercher avec dpkg -l | grep r-cran-

2. Ajouter le PPA de Michael Rutter :

   sudo add-apt-repository ppa:marutter/rrutter3.5
   sudo apt-get update
   

3. Mise à niveau r

   sudo apt install r-api-3.5
   

4. Installez tous les paquets dont vous avez besoin depuis la source (vers une bibliothèque personnelle ou de site via install.packages()) ou en installant le r-cran-*paquet Ubuntu correspondant .

   J'utilise le script suivant pour réinstaller tous les packages de mes packages à partir de la bibliothèque de mon site personnel pour R 3.4:

   installed <- rownames(installed.packages())
   pkgs <- dir("~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4")
   new <- setdiff(pkgs, installed)
   new
   install.packages(new)
   

   Si vous avez une machine avec plusieurs processeurs, vous pouvez accélérer le processus, par exemple:

   install.packages(new, Ncpus = 6)
   

Références

• Réponse de Dirk Eddelbuettel à une demande similaire sur la liste de diffusion R-SIG-Debian

• SO question connexe

Le site CRAN a été mis à jour depuis la réponse de @ krlmlr début juin: https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/ .

Les instructions CRAN comportent plusieurs étapes, mais le résumé indique que le sources.listfichier doit référencer un référentiel spécifique aux versions 3.5.x et 3.6.x. L'entrée est quelque chose comme

deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial-cran35/

au lieu de l'entrée précédente (sans version) de

deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial/

La description pertinente du site Web (qui changera éventuellement):

Les packages R 3.6 pour Ubuntu sur i386 et amd64 sont disponibles pour la plupart des versions stables d’Ubuntu Desktop jusqu’à leur date de fin de vie officielle. Cependant, seule la dernière version de LTS (Long Term Support) est entièrement prise en charge. À compter du 18 novembre 2018, les versions prises en charge sont Xenial Xerus (16.04; LTS), Trusty Tahr (14.04; LTS), Bionic Beaver (18.04; LTS), Cosmic Seiche (18.10) et Disco Dingo (19.04). Remarque: pour installer les packages R 3.6, une entrée différente de sources.list est nécessaire. Voir ci-dessous pour plus de détails. Même si R est passé à la version 3.6, pour des raisons de compatibilité, l’entrée sources.list utilise toujours la désignation cran3.5.

edit 2019-05-13: mise à jour pour la version R 3.6.0 du mois dernier.

La xenial-cran35/version du repo ne fonctionne PAS si vous avez une "version par défaut" définie dans apt, comme c'est le cas dans certaines distributions fonctionnant sur Ubuntu, telles que Mint. Pour ma distribution Mint, il existe un fichier /etc/apt/apt.conf.d/01ubuntudans lequel il est déclaré ce Default-Release "xenial"; que cela signifie est que, puisque r-base existe dans le dépôt Ubuntu version 3.2, avec la version "xenial", il n'utilisera jamais la branche 3.6 de la autre repo, car le nom de version de ce repo est "xenial-cran35". Vous devez modifier ce fichier pour modifier la version par défaut en "xenail-cran35" ou effectuer une tâche plus précise à l'aide de fichiers de préférences apt ( https://wiki.debian.org/AptPreferences#A.2Fetc.2Fapt.2Fpreferences ).

C’est essentiellement la faute de R pour avoir un référentiel mal formaté. Ils auraient dû avoir 2 dépôts, chacun ayant un dossier de publication "xenial", une URL pour leur travail de branche 3.2 et une pour le travail de branche 3.5+. Au lieu de cela, ils ont un référentiel, et ont bâti le "nom de la version", ce qui fonctionne en quelque sorte pour Ubuntu, mais ne fonctionnera pas si vous avez une configuration non-base d'apt de cette manière.

Cela doit être fait comme si actuellement:

sudo apt purge r-base * recommandé par r-cran- * sudo apt autorisé à supprimer sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35 /' sudo apt -key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9 mise à jour sudo apt mise à jour sud inst installer r-base-dev

'bionic' peut être changé pour votre version d'ubuntu; vérifiez les documents R: https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/

https://stackoverflow.com/a/56378217/4549682