Les versions bêta sont indépendantes les unes des autres. Vous pouvez les installer simultanément ou non.
Il suffit de glisser-déposer la bêta que vous ne souhaitez plus dans la corbeille, puis de monter la dernière version et de la copier dans votre dossier d'applications (ou à l'endroit où vous installez vos applications si elles sont différentes).
Veillez également à mettre à jour vos outils de ligne de commande à partir du portail de développement (le cas échéant, pour l'instant, Xcode 6 B3 ne dispose d'aucune mise à jour de l'outil de ligne de commande).
Si vous souhaitez suivre le processus de désinstallation en plus du répertoire Applications, Xcode installe également des fichiers dans les répertoires suivants:
/Users/[USER]/Library/Caches
/Users/[USER]/Library/Caches
~/private/var/folders/60/[key]/C
/Users/[USER]/Library/Caches/com.apple.dt.Xcode.savedState
/Users/[USER]/Library/Preferences
/Users/[USER]/Library/Application Support
Si vous souhaitez les supprimer, les fichiers individuels eux-mêmes sont faciles à identifier car leur nom mentionne «xcode» à un moment donné.
EDIT Les nouveaux outils de ligne de commande pour Xcode 6 B3 sont maintenant disponibles: https://developer.apple.com/downloads/index.action?name=Xcode