Tuez le programme après avoir sorti une ligne donnée, à partir d'un script shell

Contexte:

J'écris un script de test pour un logiciel de biologie computationnelle. Le logiciel que je teste peut prendre des jours ou même des semaines pour s'exécuter, il dispose donc d'une fonctionnalité de récupération intégrée, en cas de panne du système ou de panne de courant.

J'essaie de comprendre comment tester le système de récupération. Plus précisément, je ne peux pas trouver un moyen de "planter" le programme de manière contrôlée. Je pensais en quelque sorte chronométrer une instruction SIGKILL pour qu'elle s'exécute après un certain temps. Ce n'est probablement pas idéal, car le scénario de test n'est pas garanti de fonctionner à la même vitesse à chaque fois (il s'exécute dans un environnement partagé), il serait donc difficile de comparer les journaux à la sortie souhaitée.

Ce logiciel imprime une ligne pour chaque section d'analyse qu'il effectue.

Question:

Je me demandais s'il y avait un bon moyen / élégant (dans un script shell) pour capturer la sortie d'un programme et puis tuer le programme quand une ligne / # de lignes donnée est sortie par le programme?

Un script wrapper comme celui-ci est une approche standard. Le script exécute le programme en arrière-plan, puis effectue une boucle, vérifiant le fichier journal toutes les minutes pour une chaîne. Si la chaîne est trouvée, le programme d'arrière-plan est supprimé et le script se ferme.

command="prog -foo -whatever"
log="prog.log"
match="this is the what i want to match"

$command > "$log" 2>&1 &
pid=$!

while sleep 60
do
    if fgrep --quiet "$match" "$log"
    then
        kill $pid
        exit 0
    fi
done

Si votre programme se terminera sur SIGPIPE (qui est l'action par défaut), il devrait suffire de diriger la sortie vers un lecteur qui se terminera à la lecture de cette ligne.

Cela pourrait donc être aussi simple que

$ program | sed -e '/Suitable text from the line/q'

Si vous souhaitez supprimer la sortie par défaut, utilisez

$ program | sed -n -e '/Suitable text from the line/q'

De même, si l'on veut s'arrêter après un certain nombre de lignes, on pourrait utiliser la tête à la place de sed, par exemple

$ program | head -n$NUMBER_OF_LINES_TO_STOP_AFTER

L'heure exacte à laquelle la destruction se produit dépend du comportement de mise en mémoire tampon du terminal, comme le suggère stardt dans les commentaires.

Comme alternative à la réponse de dmckee, la grepcommande avec l' -moption (voir par exemple cette page de manuel ) peut également être utilisée:

compbio | grep -m 1 "Text to match"

s'arrêter lorsqu'une ligne correspondant au texte est trouvée ou

compbio | grep -v -m 10 "Text to match"

attendre 10 lignes qui ne correspondent pas au texte donné.

Vous pouvez utiliser expect(1)pour regarder la sortie standard d'un programme, puis exécuter une action prédéfinie sur certains modèles.

#!/usr/bin/env expect

spawn your-program -foo -bar 
expect "I want this text" { close }

Ou une ligne pour l'intégration dans un autre script:

expect -c "spawn your-program -foo -bar; expect \"I want this text\" { close }"

Notez que la expectcommande n'est pas fournie avec tous les systèmes d'exploitation par défaut. Vous devrez peut-être l'installer.

Vous pouvez utiliser une instruction "while":

Vous devez diriger la sortie de votre logiciel (ou de ses journaux) puis, pour chaque nouvelle ligne, effectuer un test conditionnel, puis exécuter kill -KILL. Par exemple (j'ai testé avec / var / log / messages comme fichier journal):

tail -f /var/log/messages | while read line; do test "$line" = "THE LINE YOU WANT TO MATCH" && kill PIDTOKILL; done

Ou directement avec le logiciel:

./biosoftware | while read line; do test "$line" = "THE LINE YOU WANT TO MATCH" && kill PIDTOKILL; done

Vous devez remplacer le chemin du journal / le nom de l'application, la ligne à mettre en correspondance et le PID à tuer (vous pouvez également utiliser killall).

Bonne chance avec votre logiciel,

Hugo,