Le Mac Mini actuel utilise un processeur Intel Core 2 Duo bicœur «Penryn» 64 bits fonctionnant à 2,4 ou 2,66 GHz. Chaque CPU dispose d’un cache L2 de 3 Mio sur puce, partagé entre les deux cœurs. Les révisions précédentes utilisaient des chips Core 2 Duo à base de "Merom" et des chips Duo et Solo à base de "Yonah".
Alors que le Mac Mini G4 contenait un processeur graphique séparé, toutes les révisions du Mac Mini à processeur Intel contiennent des GPU intégrés. Dans les débuts de la commercialisation du Mac Mini G4 par Apple, Apple vantait la supériorité de l'utilisation d'une carte graphique ATI Radeon 9200 32 Mi distincte par rapport aux cartes graphiques intégrées incluses dans de nombreux PC à budget réduit. [27] L'Intel GMA intégré au Mac Mini a été critiqué pour sa capacité à produire une vidéo saccadée, malgré la prise en charge de la lecture vidéo H.264 avec accélération matérielle et des taux de trame décevants dans les jeux 3D exigeants en graphiques [28]. Toutefois, dans le modèle actuel, le Nvidia GeForce 320M est considéré comme le processeur graphique intégré le plus rapide du marché et est présenté par Apple comme étant deux fois plus rapide que le Nvidia GeForce 9400M utilisé dans les modèles précédents.