Comme Jim le dit, les exemples sur le site OpenVPN utilisent # pour les commentaires et; pour mettre en commentaire les paramètres. Il n'y a pas de différence fonctionnelle, mais cette convention facilite l'identification visuelle des paramètres mis en commentaire.
Depuis https://openvpn.net/index.php/open-source/documentation/howto.html#examples
#################################################
# Sample OpenVPN 2.0 config file for #
<snip>
# Comments are preceded with '#' or ';' #
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# Which local IP address should OpenVPN
# listen on? (optional)
;local a.b.c.d
# Which TCP/UDP port should OpenVPN listen on?
# If you want to run multiple OpenVPN instances
# on the same machine, use a different port
# number for each one. You will need to
# open up this port on your firewall.
port 1194
# TCP or UDP server?
;proto tcp
proto udp
;