La sécurité se fait mieux en couches. Mis à part un peu de travail supplémentaire, l'ajout d'un pare-feu basé sur l'hôte à votre VPS ne devrait rien blesser et peut protéger votre système contre certaines attaques.
Iptables est un outil en ligne de commande qui gère les règles de l'infrastructure du netfilter du noyau. Presque tous les pare-feu basés sur Linux utilisent iptables. On pourrait dire qu'il n'y a vraiment qu'un seul pare-feu Linux, juste beaucoup d'outils qui manipulent les règles de différentes manières.
En ce qui concerne le pare-feu à utiliser personnellement, j'aime vraiment firehol , mais il existe de nombreuses alternatives, une recherche de pare - feu linux renverra de nombreuses questions où divers outils de gestion de pare-feu sont discutés.