Impossible d'installer le package R dans Ubuntu 11.04 [fermé]

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Je suis nouveau sur Linux et R.

J'ai installé R 2.12 dans Ubuntu 11.04. Aujourd'hui, j'ai essayé d'installer un nouveau package, j'ai donc exécuté la commande suivante:

install.packages('XML')

Mais l'installation a échoué et a donné les informations suivantes:

* installing *source* package ‘XML’ ...
checking for gcc... gcc
checking for C compiler default output file name... a.out
checking whether the C compiler works... yes
checking whether we are cross compiling... no
checking for suffix of executables... 
checking for suffix of object files... o
checking whether we are using the GNU C compiler... yes
checking whether gcc accepts -g... yes
checking for gcc option to accept ISO C89... none needed
checking how to run the C preprocessor... gcc -E
No ability to remove finalizers on externalptr objects in this verison of R
checking for sed... /bin/sed
checking for pkg-config... /usr/bin/pkg-config
checking for xml2-config... no
Cannot find xml2-config
ERROR: configuration failed for package ‘XML’
* removing ‘/home/spirit/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.12/XML’

The downloaded packages are in
    ‘/tmp/RtmpoZYxnv/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages("XML") :
  installation of package 'XML' had non-zero exit status

J'ai aussi essayé:

sudo install.packages('XML')

Mais cela donne les mêmes informations d'erreur.

Quelqu'un peut-il me donner des conseils?

xml r ubuntu installation Derrick Zhang
la source

Installer xml2-config?

Wayne Werner

Cette question vient de m'aider (encore) dans Ubuntu 14.04

geneorama

Je ne sais pas si la question est hors sujet ou non, mais la réponse ci-dessous a également résolu mon problème avec Ubuntu Trusty Tahr.

msoftrain

Doit-il être déplacé vers la pile AskUbuntu? C'est une question relative à l'utilisation de R ou RStudio (bien que cela se produise probablement avec d'autres logiciels?), Causée par le manque de progiciels requis dans Ubuntu. C'est une question assez courante, semble-t-il d'après la liste "Related" que je vois à droite. Et on pourrait à juste titre se demander pourquoi ces paquets sont-ils absents d'Ubuntu?

Rick Henderson

@rickHenderson C'est également utile pour d'autres distributions Linux.

Réponses:

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La méthode install.packages

Vous devez installer le package ubuntu libxml2-devDonc, dans un type d'invite shell:

sudo apt-get update
sudo apt-get install libxml2-dev

Vous aurez besoin de sudopouvoirs spéciaux pour cela.

Méthode de package Ubuntu

Comme l'ont mentionné Richie et Dirk, vous pouvez également utiliser:

sudo apt-get install r-cran-xml

Si vous suivez ce chemin, je vous recommande de consulter la page des sources de R ubuntu qui vous assurera d'avoir une version actuelle de R et les packages R associés. Cela peut être important si vous utilisez la version LTS d'ubuntu.

csgillespie
la source

Pouvez-vous essayer synaptic? recherchez le paquet dont vous avez besoin là

pacomet

r-cran-xml ne suffit pas, a dû faire libxml2-dev

Ferroao

Partageant mon observation pour un problème similaire qui pourrait aider les utilisateurs de MAC. Même si j'avais toutes les bibliothèques dépendantes, j'ai toujours des erreurs. Après de nombreux essais, c'est ce qui m'a sauvé - Lors de l'installation via rstudio en utilisant install.packages (), vous obtenez une invite demandant -Voulez-vous installer à partir des sources le paquet qui a besoin d'être compilé? y / n: donnez ici votre réponse par «n». Cela a fonctionné pour moi.

minion

Dans Debian, seul l'étirement sudo apt-get install libxml2-devest suffisant pour travailler

Adriano Rivolli

Je reçois cette erreur: sudo apt-get install r-cran-xml

Suat Atan PhD

La réponse de Colin est correcte dans un sens étroit, mais en même temps fausse comme vous pouvez le dire

 sudo apt-get install r-cran-xml

car XML est l'un des packages CRAN disponibles dans Ubuntu. Voyez apt-cache search r-cran-*les autres.

Dirk Eddelbuettel
la source