Python SciPy a-t-il besoin de BLAS?

numpy.distutils.system_info.BlasNotFoundError: 
    Blas (http://www.netlib.org/blas/) libraries not found.
    Directories to search for the libraries can be specified in the
    numpy/distutils/site.cfg file (section [blas]) or by setting
    the BLAS environment variable.

Quel tar dois-je télécharger sur ce site?

J'ai essayé les fortrans, mais j'obtiens toujours cette erreur (après avoir défini la variable d'environnement évidemment).

La page Web SciPy fournissait auparavant des instructions de construction et d'installation, mais les instructions qui s'y trouvent reposent désormais sur des distributions binaires du système d'exploitation. Pour construire SciPy (et NumPy) sur des systèmes d'exploitation sans packages précompilés des bibliothèques requises, vous devez construire puis créer un lien statique vers les bibliothèques Fortran BLAS et LAPACK :

mkdir -p ~/src/
cd ~/src/
wget http://www.netlib.org/blas/blas.tgz
tar xzf blas.tgz
cd BLAS-*

## NOTE: The selected Fortran compiler must be consistent for BLAS, LAPACK, NumPy, and SciPy.
## For GNU compiler on 32-bit systems:
#g77 -O2 -fno-second-underscore -c *.f                     # with g77
#gfortran -O2 -std=legacy -fno-second-underscore -c *.f    # with gfortran
## OR for GNU compiler on 64-bit systems:
#g77 -O3 -m64 -fno-second-underscore -fPIC -c *.f                     # with g77
gfortran -O3 -std=legacy -m64 -fno-second-underscore -fPIC -c *.f    # with gfortran
## OR for Intel compiler:
#ifort -FI -w90 -w95 -cm -O3 -unroll -c *.f

# Continue below irrespective of compiler:
ar r libfblas.a *.o
ranlib libfblas.a
rm -rf *.o
export BLAS=~/src/BLAS-*/libfblas.a

Exécutez une seule des cinq commandes g77 / gfortran / ifort. J'ai tout commenté, sauf le gfortran que j'utilise. L'installation suivante de LAPACK nécessite un compilateur Fortran 90 , et comme les deux installations doivent utiliser le même compilateur Fortran, g77 ne doit pas être utilisé pour BLAS.

Ensuite, vous devrez installer les éléments LAPACK. Les instructions de la page Web SciPy m'ont également aidé ici, mais j'ai dû les modifier en fonction de mon environnement:

mkdir -p ~/src
cd ~/src/
wget http://www.netlib.org/lapack/lapack.tgz
tar xzf lapack.tgz
cd lapack-*/
cp INSTALL/make.inc.gfortran make.inc          # On Linux with lapack-3.2.1 or newer
make lapacklib
make clean
export LAPACK=~/src/lapack-*/liblapack.a

Mise à jour le 3-sept.-2015: Vérifié quelques commentaires aujourd'hui (merci à tous): Avant d'exécuter, make lapacklibéditez le make.incfichier et ajoutez des -fPICoptions OPTSet des NOOPTparamètres. Si vous êtes sur une architecture 64 bits ou souhaitez compiler pour une, ajoutez également -m64. Il est important que BLAS et LAPACK soient compilés avec ces options définies sur les mêmes valeurs. Si vous oubliez, le -fPICSciPy vous donnera en fait une erreur sur les symboles manquants et vous recommandera ce commutateur. La section spécifique de make.incressemble à ceci dans ma configuration:

FORTRAN  = gfortran 
OPTS     = -O2 -frecursive -fPIC -m64
DRVOPTS  = $(OPTS)
NOOPT    = -O0 -frecursive -fPIC -m64
LOADER   = gfortran

Sur les anciennes machines (par exemple RedHat 5), gfortran peut être installé dans une version plus ancienne (par exemple 4.1.2) et ne comprend pas l'option -frecursive. Supprimez-le simplement du make.incfichier dans de tels cas.

La cible de test lapack du Makefile échoue dans ma configuration car elle ne trouve pas les bibliothèques blas. Si vous êtes minutieux, vous pouvez déplacer temporairement la bibliothèque blas vers l'emplacement spécifié pour tester le lapack. Je suis une personne paresseuse, donc je fais confiance aux développeurs pour que cela fonctionne et ne vérifie que dans SciPy.

Si vous devez utiliser les dernières versions de SciPy plutôt que la version packagée, sans avoir à vous soucier de la construction de BLAS et LAPACK, vous pouvez suivre la procédure ci-dessous.

Installer des bibliothèques d'algèbre linéaire à partir du référentiel (pour Ubuntu),

sudo apt-get install gfortran libopenblas-dev liblapack-dev

Ensuite, installez SciPy, (après avoir téléchargé la source SciPy): python setup.py installou

pip install scipy

Selon le cas.

Sur Fedora, cela fonctionne:

 yum install lapack lapack-devel blas blas-devel
 pip install numpy
 pip install scipy

N'oubliez pas d'installer ' lapack-devel ' et ' blas-devel ' en plus de 'blas' et 'lapack' sinon vous obtiendrez l'erreur que vous avez mentionnée ou l'erreur "numpy.distutils.system_info. LapackNotFoundError ".

Je suppose que vous parlez d'installation dans Ubuntu. Utilisez simplement:

apt-get install python-numpy python-scipy

Cela devrait également prendre en charge la compilation des bibliothèques BLAS. Sinon, la compilation des bibliothèques BLAS est très difficile.

Pour les utilisateurs de Windows, il existe un joli paquet binaire de Chris (avertissement: c'est un téléchargement assez volumineux, 191 Mo):

• http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#scipy-stack

Suivre les instructions données par 'cfi' fonctionne pour moi, bien qu'il y ait quelques pièces dont vous pourriez avoir besoin:

1) Votre répertoire lapack, après décompression, peut s'appeler lapack-XY (un certain numéro de version), vous pouvez donc simplement le renommer en LAPACK.

cd ~/src
mv lapack-[tab] LAPACK

2) Dans ce répertoire, vous devrez peut-être faire:

cd ~/src/LAPACK 
cp lapack_LINUX.a libflapack.a

Essayez d'utiliser

sudo apt-get install python3-scipy