Erreur de chargement rJava dans RStudio / R après la «mise à niveau» vers OSX Yosemite

J'ai récemment "mis à jour" d'OSX Mountain Lion vers Yosemite et de R 3.1.3 vers 3.2. Immédiatement après la mise à niveau, lorsque j'ai ouvert R ou RStudio, j'ai reçu un message contextuel disant que je devais installer Java 6. De plus, le chargement rJavaou tout paquet qui dépend de rJava (par exemple xlsx) a causé le crash de RStudio (R a également planté quand j'ai essayé cela en ouvrant R.appdirectement).

Après avoir essayé quelques correctifs trouvés sur Stack Overflow et ailleurs (plus de détails ci-dessous), je suis à un point où le chargement rJavaou tout package qui en dépend rJavane provoque plus le plantage de R, mais entraîne l'erreur suivante:

library(rJava)
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
  call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
  error: unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so':
  dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so, 6): Library not loaded: @rpath/libjvm.dylib
  Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so
  Reason: image not found
Error: package or namespace load failed for ‘rJava’

Cependant, si j'appelle R à partir de la ligne de commande et que je charge ensuite rJavaou tout package qui en dépend rJava, cela semble fonctionner (ou du moins je ne reçois aucun message d'erreur).

J'ai essayé un certain nombre de tentatives de corrections différentes, certaines à quelques reprises, et je ne me souviens pas exactement de ce que j'ai fait dans quel ordre (je ne savais pas que ce serait un tel bourbier et ne suivait pas vraiment) , mais voici l'essentiel:

• Ajout de ce qui suit à mon .bash_profile(par cette réponse SO ):

  export JAVA_HOME = "/ usr / libexec / java_home -v 1.8"
  export LD_LIBRARY_PATH = $ JAVA_HOME / jre / lib / server

• Java reconfiguré à partir de la ligne de commande comme suit:

  sudo R CMD javareconf -n

• Vérifié options("java.home")et découvert que ce paramètre était défini sur NULL. J'ai essayé de le configurer comme suit (par cette question SO ):

  options ("java.home" = "/ Bibliothèque / Java / JavaVirtualMachines / jdk1.8.0_45.jdk / Contents / Home / jre")

• Installé le dernier kit de développement Java et réinstallé à rJavapartir de la source (je ne me souviens pas où j'ai trouvé celui-là).

À un moment donné, en essayant tout cela, j'ai pu charger rJavasans planter R, mais j'ai plutôt reçu le message d'erreur ci-dessus. De plus, lorsque je quitte RStudio, il semble se fermer normalement, mais un message "RStudio quitte inopinément" apparaît alors, indiquant que le programme s'est écrasé en essayant de se fermer.

J'ai finalement décidé d'installer Java pour OS X 2014-001 (Java 6), car je semblais manquer d'options. Maintenant, lorsque j'ai ouvert R ou RStudio, le message contextuel "Ce logiciel a besoin de Java 6" n'apparaissait plus. Cependant, je recevais toujours le .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava'message d'erreur ci-dessus.

En examinant certains des articles que j'avais déjà consultés, j'ai remarqué une autre réponse SO que j'avais manquée auparavant, qui recommandait d'ouvrir RStudio avec le code de ligne de commande suivant qui donne à RStudio le chemin correct vers java:

LD_LIBRARY_PATH = $ (/ usr / libexec / java_home) / jre / lib / server: ouvrir -a RStudio

Cela a ouvert une fenêtre RStudio et j'ai également pu charger rJavaet les packages qui en dépendent sans obtenir d'erreur.

Enfin, j'ai essayé d'exécuter R à partir de la ligne de commande (ce que je n'avais pas fait auparavant). Il s'avère que sur la ligne de commande, le chargement rJavaou tout autre package qui dépend de rJavafonctionne et ne génère aucune erreur.

Donc, je peux maintenant me mettre rJavaau travail si j'ouvre RStudio à partir de la ligne de commande avec le code qui donne à RStudio le chemin java (comme indiqué ci-dessus). Cependant, j'aimerais trouver un moyen de résoudre le problème sous-jacent, quel qu'il soit, afin que RStudio puisse être ouvert de la manière habituelle de Mac, sans avoir besoin d'un kludge de ligne de commande. Je crains également que l'installation d'une ancienne version de Java puisse causer des problèmes ultérieurement.

Quelqu'un a-t-il des idées sur la façon de diagnostiquer et de résoudre ce problème?

J'ai eu le même problème et j'ai suivi les mêmes étapes que vous. La dernière étape pour permettre le démarrage de RStudio via Finder / Spotlight était de lier libjvm.dylib à / usr / local / lib:

sudo ln -f -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

-f L'indicateur est ajouté pour forcer l'écrasement du fichier / lien existant

Sous OSX El Capitan 10.11, l'utilisateur n'a pas l'autorisation d'écrire dans / usr / lib. Alors à la place, utilisez la commande suivante:

sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

Vous pouvez charger le libjvm.dylib explicitement, en exécutant comme

dyn.load('/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_66.jdk/Contents/Home/jre/lib/server/libjvm.dylib')
library(rJava)

Sur macOS High Sierra (10.13.1) et Java Version 9, vous devez utiliser un chemin JVM légèrement différent (notez le jredossier manquant dans le chemin par rapport aux instructions des versions précédentes de Java):

sudo ln -f -s $(/usr/libexec/java_home)/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

Vous devez également informer R de la JVM:

MY_R_VERSION=$(Rscript -e "cat(with(R.version, sprintf('%s.%s', major, substring(minor, 1, 1))))")
ln -s /usr/local/lib/libjvm.dylib /Library/Frameworks/R.framework/Versions/$MY_R_VERSION/Resources/lib/

La commande suivante fonctionne:

sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

Après cela, dans RStudio, le chargement de rJava se fait par le chargement du paquet "xlsx".

library("xlsx")

Environnement PS # 1: Mac OS X El Capitan 10.11.3+ avec RStudio 0.99.491+ et R 3.2.3+. (J'ai maintenant testé cela également sur macOS Sierra (10.12) et R.3.3.1.)

PS # 2 Je trouve que openxlsxc'est beaucoup plus rapide et ne repose pas sur Java pour fonctionner, alors j'utilise maintenant ce package. J'espère que cela aide les autres.

Vous devriez pouvoir utiliser le CRAN rJava, sans avoir besoin de recompiler rJava ou d'effectuer des étapes supplémentaires en liant la bibliothèque partagée au répertoire de la bibliothèque de frameworks R.

sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /Library/Frameworks/R.framework/Libraries

Voici comment je l'ai configuré pour fonctionner correctement sur deux Mac exécutant Mac OS X El Capitan (10.11.6):

1. Désinstallez 'rJava' en exécutant les commandes suivantes dans une fenêtre de terminal:

   Rscript -e 'remove.packages("rJava")'
   sudo Rscript -e 'remove.packages("rJava")'

2. Téléchargez et installez le logiciel Java à partir d'Oracle: https://www.java.com/en/download/mac_download.jsp

3. Ajoutez les lignes suivantes à l' /Users/<userid>/.bashrcutilisation de votre éditeur préféré:

   # Set JAVA_HOME so rJava package can find it
   export JAVA_HOME=$(/usr/libexec/java_home -v 1.8)/jre

4. Fermez et redémarrez toutes les fenêtres de terminal, R et RStudio (pour récupérer les modifications .bashrc).

5. Exécutez la commande suivante dans une fenêtre de terminal:

   sudo ln -sf $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

6. Exécutez la commande suivante dans une fenêtre de terminal:

   sudo Rscript -e 'install.packages("rJava", repos="http://rforge.net", type="source")'

Voici les étapes faciles pour cela:

1. supprimer le package rJava: remove.packages (rJava)
2. plus proche
3. installez le dernier Java sur votre mac
4. ouvrez le terminal et tapez cette commande: sudo R CMD javareconf

5. Ouvrez R et installez rJava avec cette commande:

   install.packages ("rJava", dépendances = TRUE, type = "source")

Le problème d'image introuvable existe avec une toute nouvelle installation sur OSX High Sierra avec le dernier JDK Java SE 10.

J'ai pu résoudre le problème de chemin avec rJava en utilisant le correctif trouvé sur la page des problèmes de rJava Github: https://github.com/su/rJava/issues/78

R CMD javareconf JAVA_CPPFLAGS = -I / System / Library / Frameworks / JavaVM.framework / Headers

Voici ce qui a fonctionné pour moi sur MAC:

1. dans votre ~/.profileou ~/.bashrcajoutez cette ligne: %export JAVA_HOME=/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_102.jdk/Contents/Home

   1.1 % source .profile(ou % source .bashrc)

2. % sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib
3. remove.packages(rJava)
4. remove.packages(Rweka)
5. Depuis le terminal, entrez cette commande: %sudo R CMD javareconf
6. install.packages("rJava", dependencies = TRUE, type = "source")
7. install.packages("rJava", dependencies = TRUE, type = "source")
8. Chargez votre library("rJava", "RWeka")

Bonne chance.

Peut-être une autre réponse simple qui ne touche pas votre système de fichiers:

$ install_name_tool -add_rpath /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_131.jdk/Contents/Home/jre/lib/server /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/libs/rJava.so

(Remplacez jdk1.8.0_131.jdkpar votre chemin JDK.)

Vérifiez l'emplacement du fichier libjvm.dylib.

Essayez ceci, dans mon cas, cela a fonctionné:

dyn.load('/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-10.jdk/Contents/Home/lib/server/libjvm.dylib')
library(rJava)

J'ai parcouru tout le dépannage que j'ai pu trouver, puis j'ai installé jdk-11.0.1_osx-x64_bin.dmg à partir de: Téléchargements Oracle

Tout a parfaitement fonctionné après cela.

Vérifiez la version de la bibliothèque qui n'a pas été chargée lorsque vous exécutez la bibliothèque ('rJava') et faites-la correspondre à la version java dont vous avez besoin.

J'ai remarqué que 'rJava' est assez strict sur la version JDK lors du chargement dans Rstudio.
Dans mon cas (Mac OS. 10.14.6 - Mojave), j'avais installé jdk-13 qui a été testé contre jdk-11.
J'ai lié ma version JDK à un répertoire inexistant qui était supposé valide par Rstudio (JDK 11):

sudo ln -sf /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-13.jdk/ /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-11.0.1.jdk

et étonnamment cela fonctionne comme un charme ...
BTW., il n'y avait aucun problème pour exécuter 'rJava' en suivant les instructions précédentes dans R. natif.

Ici, vous pouvez télécharger l'ancienne version Java 6 pour El Capitan: https://support.apple.com/kb/DL1572?viewlocale=en_US&locale=en_US Après cela, le package rJava fonctionne pour moi.

Cette ligne ci-dessous a résolu le même problème que j'avais avec le rJavapackage que certains autres dans cette discussion. Je suis sûr qu'il y a plus d'une solution à ce problème et je les remercie tous sincèrement pour leurs contributions car parfois une ligne comme celle ci-dessous permet de gagner beaucoup de temps avant d'aller à la poubelle!

sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

Exécutez ce qui suit sur la ligne de commande: sudo R CMD javareconf

Plusieurs solutions ci-dessus ont mentionné cela, mais elles suggèrent également de supprimer puis de réinstaller le rJavapackage. J'ai trouvé ces étapes supplémentaires inutiles.

Vous pouvez modifier la référence dans R à l'aide de la commande suivante:

sudo install_name_tool -change /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-11.0.1.jdk/Contents/Home/lib/server/libjvm.dylib /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-13.0.1.jdk/Contents/Home/lib/server/libjvm.dylib /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Resources/library/rJava/libs/rJava.so