Comment afficher une image à partir d'un fichier dans Jupyter Notebook?

Je voudrais utiliser un cahier IPython pour analyser de manière interactive certaines cartes génomiques que je crée avec le GenomeDiagrammodule de Biopython . Bien qu'il existe une documentation complète sur la façon d'utiliser matplotlibpour obtenir des graphiques en ligne dans le bloc-notes IPython, GenomeDiagram utilise la boîte à outils ReportLab qui, je ne pense pas, est prise en charge pour la création de graphiques en ligne dans IPython.

Je pensais, cependant, qu'une façon de contourner ce problème serait d'écrire le diagramme intrigue / génome dans un fichier, puis d'ouvrir l'image en ligne, ce qui aurait le même résultat avec quelque chose comme ceci:

gd_diagram.write("test.png", "PNG")
display(file="test.png")

Cependant, je ne peux pas comprendre comment faire cela - ou savoir si c'est possible. Alors, est-ce que quelqu'un sait si les images peuvent être ouvertes / affichées dans IPython?

Avec l'aimable autorisation de cet article , vous pouvez effectuer les opérations suivantes:

from IPython.display import Image
Image(filename='test.png') 

( documents officiels )

Si vous essayez d'afficher une image de cette manière dans une boucle, vous devez encapsuler le constructeur Image dans une méthode d'affichage.

from IPython.display import Image, display

listOfImageNames = ['/path/to/images/1.png',
                    '/path/to/images/2.png']

for imageName in listOfImageNames:
    display(Image(filename=imageName))

Notez que jusqu'à présent, les solutions publiées ne fonctionnent que pour png et jpg!

Si vous le souhaitez encore plus facilement sans importer d'autres bibliothèques ou si vous souhaitez afficher un fichier GIF animé ou non animé dans votre bloc-notes Ipython. Transformez la ligne où vous souhaitez l'afficher en démarque et utilisez ce joli petit hack!

![alt text](test.gif "Title")

Cela importera et affichera une .jpgimage dans Jupyter (testé avec Python 2.7 dans l'environnement Anaconda)

from IPython.display import display
from PIL import Image


path="/path/to/image.jpg"
display(Image.open(path))

Vous devrez peut-être installer PIL

dans Anaconda, cela se fait en tapant

conda install pillow

Avec la permission de cette page, j'ai trouvé que cela fonctionnait alors que les suggestions ci-dessus ne le faisaient pas:

import PIL.Image
from cStringIO import StringIO
import IPython.display
import numpy as np
def showarray(a, fmt='png'):
    a = np.uint8(a)
    f = StringIO()
    PIL.Image.fromarray(a).save(f, fmt)
    IPython.display.display(IPython.display.Image(data=f.getvalue()))

Vous pouvez utiliser du code html dans la section markdown: exemple:

 <img src="https://www.tensorflow.org/images/colab_logo_32px.png" />

Si vous souhaitez afficher efficacement un grand nombre d'images, je recommande d'utiliser le package IPyPlot

import ipyplot

ipyplot.plot_images(images_array, max_images=20, img_width=150)

Il existe d'autres fonctions utiles dans ce package où vous pouvez afficher des images dans des onglets interactifs (onglet séparé pour chaque étiquette / classe), ce qui est très utile pour toutes les tâches de classification ML.

Une version plus propre de Python3 qui utilise numpy, matplotlib et PIL standard. Fusion de la réponse pour l'ouverture à partir de l'URL.

import matplotlib.pyplot as plt
from PIL import Image
import numpy as np

pil_im = Image.open('image.png') #Take jpg + png
## Uncomment to open from URL
#import requests
#r = requests.get('https://www.vegvesen.no/public/webkamera/kamera?id=131206')
#pil_im = Image.open(BytesIO(r.content))
im_array = np.asarray(pil_im)
plt.imshow(im_array)
plt.show()

from IPython.display import Image

Image(filename =r'C:\user\path')

J'ai vu des solutions et certaines ne fonctionneront pas à cause du répertoire brut, lorsque vous ajoutez des codes comme celui ci-dessus, n'oubliez pas d'ajouter «r» avant le répertoire. cela devrait éviter ce genre d'erreur: (erreur unicode) le codec 'unicodeescape' ne peut pas décoder les octets en position 2-3: échappement \ UXXXXXXXX tronqué

Lors de l'utilisation GenomeDiagramavec Jupyter (iPython), le moyen le plus simple d'afficher des images consiste à convertir le GenomeDiagram en une image PNG. Cela peut être encapsulé à l'aide d'un objet IPython.display.Image pour l'afficher dans le bloc-notes.

from Bio.Graphics import GenomeDiagram
from Bio.SeqFeature import SeqFeature, FeatureLocation
from IPython.display import display, Image
gd_diagram = GenomeDiagram.Diagram("Test diagram")
gd_track_for_features = gd_diagram.new_track(1, name="Annotated Features")
gd_feature_set = gd_track_for_features.new_set()
gd_feature_set.add_feature(SeqFeature(FeatureLocation(25, 75), strand=+1))
gd_diagram.draw(format="linear", orientation="landscape", pagesize='A4',
                fragments=1, start=0, end=100)
Image(gd_diagram.write_to_string("PNG"))

[Voir le carnet]

Une autre option pour tracer en ligne à partir d'un tableau d'images pourrait être:

import IPython
def showimg(a):
    IPython.display.display(PIL.Image.fromarray(a))

où a est un tableau

a.shape
(720, 1280, 3)