Alternatives à ogr2ogr pour le chargement de fichiers GeoJson volumineux dans PostGIS

J'ai un fichier GeoJson de 7 Go que je voudrais charger dans une base de données PostGIS. J'ai essayé d'utiliser ogr2ogr mais il échoue parce que le fichier est trop gros pour que ogr2ogr se charge en mémoire, puis traite.

Existe-t-il d'autres alternatives pour charger ce fichier geojson dans PostGIS?

L'erreur ogr2ogr que j'obtiens est:

ERREUR 2: CPLMalloc (): Mémoire insuffisante allouant -611145182 octets. Cette application a demandé au Runtime de la terminer de manière inhabituelle. Veuillez contacter l'équipe d'assistance de l'application pour plus d'informations.

L'exemple que vous avez envoyé montre qu'il peut être possible de fractionner manuellement le fichier à l'aide d'un éditeur comme notepad ++

1) Pour chaque morceau, créez un en-tête:

{"type":"FeatureCollection","features":[

2) Après l'en-tête, placez de nombreuses fonctionnalités:

{"geometry": {"type": "Point", "coordinates": [-103.422819, 20.686477]}, "type": "Feature", "id": "SG_3TspYXmaZcMIB8GxzXcayF_20.686477_-103.422819@1308163237", "properties": {"website": "http://www.buongiorno.com", "city": "M\u00e9xico D.F. ", "name": "Buongiorno", "tags": ["mobile", "vas", "community", "social-networking", "connected-devices", "android", "tablets", "smartphones"], "country": "MX", "classifiers": [{"category": "Professional", "type": "Services", "subcategory": "Computer Services"}], "href": "http://api.simplegeo.com/1.0/features/[email protected]", "address": "Le\u00f3n Tolstoi #18 PH Col. Anzures", "owner": "simplegeo", "postcode": "11590"}},

3) Terminez le morceau avec:

]}

EDIT - Voici le code python qui divisera le fichier en morceaux de taille définie (en nombre de fonctionnalités):

import sys

class JsonFile(object):
    def __init__(self,file):
        self.file = open(file, 'r') 
    def split(self,csize):
        header=self.file.readline()
        number=0
        while True:
            output=open("chunk %s.geojson" %(number),'w')
            output.write(header)
            number+=1
            feature=self.file.readline()
            if feature==']}':
                break
            else:
                for i in range(csize):
                    output.write(feature)
                    feature=self.file.readline()
                    if feature==']}':
                        output.write("]}")
                        output.close()
                        sys.exit("Done!")
                output.write("]}")
                output.close()

if __name__=="__main__":
    myfile = JsonFile('places_mx.geojson')
    myfile.split(2000) #size of the chunks.

Malheureusement, JSON est, tout comme XML, mal adapté au traitement de flux, donc presque toutes les implémentations nécessitent que l'ensemble de données soit chargé en mémoire. Bien que cela soit acceptable pour les petits ensembles dans votre cas, il n'y a pas d'autre option que de diviser l'ensemble de données en morceaux plus petits et gérables.

En améliorant la solution de Pablo, en voici une qui ne vous oblige pas à ouvrir et à charger le fichier dans un éditeur et à le diviser à la main, mais essaie d'automatiser autant que possible l'ensemble du processus.

Copiez le fichier json sur un hôte Unix (linux, osx) ou installez les outils cygwin sous Windows. Ouvrez ensuite un shell et utilisez vim pour supprimer la première et la dernière ligne du fichier:

$ vim places.json

tapez dd pour supprimer la première ligne, puis MAJ-G pour déplacer la fin du fichier, tapez à nouveau dd pour supprimer la dernière ligne. Tapez maintenant : wq pour enregistrer les modifications. Cela ne devrait prendre que quelques minutes au maximum.

Nous allons maintenant exploiter la puissance d'Unix pour diviser le fichier en morceaux plus faciles à gérer. Dans le type de shell:

$ split -l 10000 places.json places-chunks-

Allez prendre une bière. Cela divisera le fichier en de nombreux fichiers plus petits, chacun contenant 10000 lignes. Vous pouvez augmenter le nombre de lignes, tant que vous le gardez suffisamment petit pour que ogr2gr puisse le gérer.

Maintenant, nous allons coller tête et queue à chacun des fichiers:

$ echo '{"type":"FeatureCollection","features":[' > head
$ echo ']}' > tail
$ for f in places-chunks-* ; do cat head $f tail > $f.json && rm -f $f ; done

Allez prendre un snak. Les deux premières commandes créent simplement un fichier d'en-tête et de pied de page avec le contenu correct (juste pour plus de commodité), tandis que la dernière ajoutera un en-tête et un pied de page à chacun des morceaux que nous séparons ci-dessus et supprimera le morceau sans en-tête / pied de page (pour économiser de l'espace ).

À ce stade, nous espérons pouvoir traiter les nombreux fichiers place-chunks - *. Json avec ogr2ogr:

$ for f in places-chunks-*.json ; do ogr2ogr -your-options-here $f ; done

Il est possible de charger vos données avec FME Desktop. C'est très facile.

Il devrait être simple d'écrire un lecteur et un écrivain paresseux en Python qui convertirait votre fichier geojson au format de fichier de formes beaucoup plus petit ou directement en SQL sans tout faire en mémoire. Une fois convertis, les outils natifs de PostGIS peuvent importer de grands ensembles de données. La prise en charge de geojson dans OGR est relativement nouvelle et il n'y a aucun indicateur pour gérer les fichiers volumineux.

Si vous pouvez en quelque sorte partager une partie gérable de votre fichier, je pourrais vous aider.

Cela s'est amélioré dans GDAL 2.3.0 https://trac.osgeo.org/gdal/wiki/Release/2.3.0-News, il est maintenant beaucoup plus efficace en mémoire lors de la lecture de gros fichiers GeoJSON.