Limiter la mémoire utilisée par le package raster dans R?

Quelle est la façon la plus simple de limiter la mémoire rasterutilisée par le package Rà 5 Go de RAM?

Idéalement, je souhaite que tout raster qui dépasse cette taille soit écrit sur le disque dur et analysé à partir d'un fichier temporaire.

J'utilise Windows 7 (64 bits) et R version 3.0.3.

Voici du code avec lequel j'ai joué sur une machine avec 16 Go de RAM, mais il continue de fonctionner au maximum lorsque je traite de gros rasters:

require(raster)

memory.limit(size = 5000)
rasterOptions(format="GTiff",overwrite=TRUE,datatype="INT1S",
              tmpdir="C:/Research/BIN",tmptime=1.1,progress="text",chunksize=1000,
              maxmemory=1000)
rasterTmpFile("delete_me_")

r <- raster("myraster.tif")
r[r==0] <- NA

C'est à ce stade du script que l'utilisation de la RAM augmente pour prendre les 16 Go, puis cesse de fonctionner et annule la fonction.

Que dois-je changer ici?

Vous devez lire les rasters en morceaux plutôt que tous en même temps. Voir la documentation du package raster , en particulier - Fonctions d'écriture pour les gros fichiers raster .